初步使用Rstudio绘制Heatmap
2019-03-23 本文已影响102人
xianmao123
初步用R做聚类分析热图(heatmap)
原始数据如下图:
导出到 txt,会得到一个以制表符\t 分割每一行的文本文档;
![](https://img.haomeiwen.com/i16753714/5ac83e3f9d493405.png)
下载安装好R环境,安装好Rstudio;
打开Rstudio,在console处依次输入命令:
rt<-read.table("F://nano2.txt",header=T,sep="\t")
(对应修改为文件实际地址)
nano <- c("#00FF00",rep("#0000FF",4),rep("#CC00FFFF",5),rep("#00FFFF",2))
(对应自己有不同种基因,用多少张颜色,rep为重复的一个指令)
heatmap(as.matrix(rt[,2:ncol(rt)]),labRow = rt[,1],cexRow = 0.7,cexCol = 0.9,ColSideColors = nano)
(设置矩阵绘制热图,分别设置注释标签等的大小数值调整即可)
按回车执行命令;即可得到热图;
![](https://img.haomeiwen.com/i16753714/4ed0bc0ef3acee15.png)
按Export即可导出热图。