生信小笔记

初步使用Rstudio绘制Heatmap

2019-03-23  本文已影响102人  xianmao123


初步用R做聚类分析热图(heatmap)

原始数据如下图:

导出到 txt,会得到一个以制表符\t 分割每一行的文本文档;

下载安装好R环境,安装好Rstudio;

打开Rstudio,在console处依次输入命令:

rt<-read.table("F://nano2.txt",header=T,sep="\t")

(对应修改为文件实际地址)

nano <- c("#00FF00",rep("#0000FF",4),rep("#CC00FFFF",5),rep("#00FFFF",2))

(对应自己有不同种基因,用多少张颜色,rep为重复的一个指令)

heatmap(as.matrix(rt[,2:ncol(rt)]),labRow = rt[,1],cexRow = 0.7,cexCol = 0.9,ColSideColors = nano)

(设置矩阵绘制热图,分别设置注释标签等的大小数值调整即可)

按回车执行命令;即可得到热图;

按Export即可导出热图。

上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读