物种内共线性圈图绘制

本文参考 生信札记  相关内容制作

准备数据：

1.物种内的共线性分析

2.已经鉴定好的基因家族成员的基因ID

3.物种的染色体序列

一、基础分析

1.1 一些文件的准备

1.1.1第一个文件是染色体长度文件，使用Fasta Stat

1.1.2 提取染色体的长度信息，保存为文本文件，ChrLen.txt

1.1.3 使用 Amazing Super Circos ，导入ChrLen.txt ，点击 Show My Circos Plot ，即完成最简单的Circos图绘制

二、补充分析

相比于目标的图片，我们还需要一些连线，首先是把所有基因组内的共线性画进去。

2.1 物种内的Blast (或者物种间的Blast(物种间时，正反都要blast))

2.2 Merge for mcscanx(包括Blast.tab 及 cds.gff ) 

2.3  Run MCScanx Wrapper

2.4 将“blast.merge.tab.collinearity”  转成  “GenePairTable” 

2.5  “GenePairTable”  转换为LinkedRegion文件

2.6 使用LinkedRegion文件，调整相关参数，看看Circos的效果

三、高亮WRKY ID相关的连接线

我们需要的是展示WRKY基因家族内部参与的复制事件，所以与WRKY ID相关的连接线应该被高亮出来。或者我们直接补充一些高亮的线进去就可以了

我们直接使用TBtools的文本区块提取工具【不是用表格提取工具的原因是...我们是要在整行搜索】

3.1 txt block extractor 

设置输入输出

3.2 获得WRKY家族内部的LinkedRegion文件

 随后点击Start即可得到结果文件，这个结果文件，使用刚才类似的操作，获得WRKY家族内部的LinkedRegion文件

3.3 在LinkedRegion文件，添加颜色的RGB代码

3.3.1 使用Excel打开WRKY的LinkedRegion文件，在最后增加一列颜色的RGB代码

3.3.2 把带RGB标记的WRKY的LinkedRegion文本，粘贴到原来的LinkedRegion文件（步骤2.5产物）的上方

3.4 预览Circos图

3.4.1保存合并的LinkedRegion文件【这样，就合并了两者】，随后，重现点击查看Circos图 , 调整线条粗细....  微调参数、预览

3.5 补充标签文件

相比于我们的目标，似乎还差一些文本标签... 好的，那就补充。

这会，我们要用TBtools的表格提取功能

选择要筛选的列

然后，输入我们WRKY的ID列表

得到的文件，那么就放到TBtools里面

3.6 细调参数