TCGA数据分析系列（二）：UALCAN数据库
2020-04-03 本文已影响0人
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TCGA数据分析课程：生物信息学教学
UALCAN：（http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个综合的、用户友好的、交互式的web资源，用于分析癌症组学数据。UALCAN的设计目的是：
提供对公开的癌症组学数据TCGA的方便访问
允许用户识别生物标记物或对潜在的感兴趣基因进行电子验证
提供基于基因表达的描述基因表达和患者生存信息的图表
通过启动子甲基化评估基因表达的表观遗传调控
下面我们来探索一下这个数据库
可以看到今年的2月6好刚更新了miRNA的数据
TCGA miRNA分析
我们可以利用UALCAN数据库进行miRNA的差异分析，生存分析，以及靶基因预测
miRNA表达分析
每一种差异分析都可以根据临床信息进行分组
miRNA生存分析
miRNA靶基因预测
可见靶基因预测是根据图中的三个数据库进行预测的。这里还提供了靶基因的差异表达情况，非常贴心
TCGA mRNA分析
热图
我们可以看一下输入基因的热图热图
也可以根据肿瘤分期和分类来定制每一张图都可以下载各种格式的文件
mRNA表达
mRNA生存分析
启动子甲基化情况
相关性分析
泛癌表达
今天就到这把，下回见。
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