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有点意思! Sanger 测序峰值图自动解析单倍型

2022-01-29  本文已影响0人  生信石头

写在前面

昨日,快 24 点时,觉得是时候告一段落了,匆忙撰写了推文并推送出去,可见《眼见为实!Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观!》。文稿推送后,似乎没有太大反应。主要原因或许是:

  1. 看到博文的,做湿实验的人或许太少
  2. 功能有待完善,不够直观

当然,也有少数用户觉得挺实用,并提出了一些改进想法。于是趁着两个小时的空闲时间,对前面的插件做了一些调整,主要如下。

丰富参数选项

前述,界面无参数可调,主要原因是,很多时候调整参数挺麻烦,默认参数可以解决绝大多数问题,不过还是开放一下。前后界面比较下子。



丰富参数后



可以看到,增加的还是一些相对有用的参数。

完善交互信息

简单补充了一些交互信息,其中最有用的或许是... 更细致的了解到底指定位点不同碱基的峰值比例


自动解析单倍型

很多时候,我们研究的材料对应的位点很可能是杂合的,比如大多数园艺作物;更多时候,我们做了CRISPR敲除,拿到的材料中目的区域也是杂合的,可能是一个等位基因插入了,另一个等位基因缺失了。当然,正如昨天说的,我们眼尖,可以看出来到底是插入还是缺失,杂合还是纯和。
但更多时候,这个太累的,于是可以直接 Decompose!新版本插件,在主界面默认选择了“Decompose”(可以去掉勾选,如果不需要),那么会弹出解析结果,一次两个等位基因。



从图中右下角,可以看到人工查看的结果;从图中左上角,可以看到解析的两个单倍型序列,其中位点清晰,一个等位基因是插入 T ,另一个等位基因是缺失 CCTC。
完美!

写在最后

至于....如何拿到更新版本的插件.....

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