微生物软件流程测试之数据模拟
2020-11-06 本文已影响0人
XuningFan
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测序模拟器的系统综述：计算工具，功能和观点
原文来自《Systematic review of next-generation sequencing
simulators: computational tools, features and
perspectives》
一方面为了缩短软件周期，另一方面为了测试软件的精准性，我们既需要已发表的标准的测试数据集合，又需要模拟数据集，因此目前已经开发了许多基于NGS的数据模拟工具，它们可以基于一组已知测序数据的参数来模拟测序数据。例如，Ruffalo等。使用NGS模拟器ART 生成的模拟测序数据评估工具（LoQum），以重新校准短映射读段的质量。
用模拟数据来测试 family-based variant calling 算法。
一般而言，NGS模拟是一个重要过程，可通过模拟NGS模拟来创建高通量原始测序数据。
Review of NGS-based DNA/metagenomic sequencing simulators
NGS模拟器发展过程：
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NGS DNA模拟器核心软件：
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NGS
RNA模拟器核心软件：
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文章下载地址：https://academic.oup.com/bfg/article/16/3/121/2453170
