外泌体数据库|| EVLncRNAs-V3.0版本更新：Sep

长链非编码rna（lncRNAs）已经成为多种生物过程和疾病的关键调控因子。虽然高通量测序使lncRNA的发现成为可能，但功能表征仍然有限。EVLncRNAs数据库是第一个也是唯一的存储库，包含来自不同物种的所有经过实验验证的功能性lncRNAs。

继2018年EVLncRNAs-V1.0和2021年EVLncRNAs-V2.0的版本之后，这次更新标志着从2020年5月15日至2023年5月15日对近25 000份出版物的重大扩展：

• 它包含了所有类别lncRNA数量的实质性增长：功能性lncRNA增加154%，相关疾病增加160%，lncRNA-疾病关联增加186%，相互作用增加235%，结构增加138%，环状RNA增加234%，耐药lncRNA增加235%，exosomal lncRNAs增加4724%。
• 更重要的是，它纳入了其他信息，包括功能分类、详细的相互作用途径、同源lncRNA、lncRNA位置、COVID-19、相分离和类器官相关的lncRNA。
• 网页界面在浏览、可视化和搜索方面得到了实质性的改进
• 对ChatGPT进行了信息提取和功能概述测试，并指出了其局限性

EVLncRNAs 3.0代表了实验验证的功能lncRNA的最广泛的策划资源，将作为揭示新兴lncRNA功能不可或缺的平台。

数据库官方网址：https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs3/#/

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数据统计

新版本的EVLncRNAs-V3.0包括：162个species，6195 EVlncRNAs。
还加入了当下最热门的话题：CHatGPT 以及类器官 Organoid 相关词条。
CHatGPT：利用ChatGPT（https: //chat.openai.com）从文献摘要中提取有用信息的可能性。

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看了一下不同物种的EVlncRNA，貌似只有人的最多，其他的基本都在1k以下：

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不同版本的比较

图A：在三个版本的数据库中，经过实验验证的功能性lncRNA数量的前10个物种
图B：在该数据库的三个版本中，报道最常见的功能性lncRNA

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lncRNA与疾病的相关性

图A：条目数量最多、相关lncRNA最多的前15种疾病
图B：数据库中与疾病、癌症或非癌症相关的前15个lncRNA

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新增内容：功能分类

通过基于基因本体论功能类别的分类，可以更好地阐明lncRNA的多种功能作用。
下图为：每个功能类别中的前10个功能。(A)生物过程。(B)细胞组件。(C)分子功能。(D)临床应用程序。

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数据库主要界面

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数据下载

好像非常简单：https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs3/#/download

直接是一个压缩包：

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文献信息：

作者单位为：山东省生物物理重点实验室，德州大学生物物理研究所 联合 系统与物理生物学研究所（深圳Bay实验室）
Nucleic Acids Research, gkad1057, https://doi.org/10.1093/nar/gkad1057
EVLncRNAs 3.0: an updated comprehensive database for manually curated functional long non-coding RNAs validated by low-throughput experiments