ICGC数据库简介
2019-04-16 本文已影响66人
Forest_Lee
ICGC的成立是为了启动和协调大量的研究项目，这些研究项目都有一个共同的目标，即揭示造成全世界人民疾病负担的多种癌症的基因组变化。
网址为：https://icgc.org/content/icgc-home-0
image.png
宣传标语赫然在列，足见此数据库的重要性。
ICGC由很多计划组成，我们看一下中国有关肝癌的计划。
image.png
在404例捐献者中，肝癌突变基因前三位为TP53、KMT2C和LRP1B
image.png
返回首页，Data Portal，查看数据库内容
image.png
清晰的搜索框，以及其包含的项目内容等。
image.png
我们搜一下TP53
可以看到有关TP53的详细信息 如
该基因编码一种肿瘤抑制蛋白，包含转录激活、DNA结合和寡聚结构域。编码蛋白对不同的细胞应激反应，调节靶基因的表达，从而诱导细胞周期阻滞、凋亡、衰老、DNA修复或代谢变化。这种基因的突变与多种人类癌症有关，包括遗传性癌症，如Li-Fraumeni综合征。该基因的选择性剪接和使用替代启动子可导致多种转录变体和亚型。
image.png
还可以看到与之相关的通路、GO术语等注释信息。点开都有详细的介绍
image.png
image.png
对我们理解癌症信息有一定的帮助
参考来源：生信技能树
友情链接：
课程分享
生信技能树全球公益巡讲
（https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g）
B站公益74小时生信工程师教学视频合辑
（https://mp.weixin.qq.com/s/IyFK7l_WBAiUgqQi8O7Hxw）
招学徒：
（https://mp.weixin.qq.com/s/KgbilzXnFjbKKunuw7NVfw）
欢迎关注公众号：青岛生信菜鸟团
