学习小组Day 3笔记--杨柳松
2019-05-08 本文已影响14人
杨柳松_73d6
学习安装miniconda（引自生信星球）
- 检查软件是否存在：由putty进入Linux后输入
bzip2，显示无此命令，软件不存在，需要安装。 - 安装bzip2：
yum install -y bzip2，显示complete后完成安装 - 下载miniconda：搜索“miniconda”，第一个链接下载与服务器对应的Python，找到其链接https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，复制，在自己服务器建立文件夹biosoft（
mkdir biosoft），进入biosoft（cd biosoft），使用wget命令跟上链接，开始下载。
sh文件相当于安装包 - 使用
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令进行安装。 - 使用
source ~/.bashrc命令激活conda - 添加镜像，命令如下：
# conda config --remove-key channels
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
学习使用conda（引自生信星球）
- 使用
conda list命令查看当前软件列表 - 搜索软件：使用命令
conda search加软件名称，如conda search fastqc - 安装软件：
conda install 软件名称 -y，如conda install fastqc -y,不加-y也可以，但安装过程中要手动点yes和回车等命令进行确认
若需指定版本号，则在软件名称后加=版本号 - 卸载软件：
conda remove 软件名称 -y
学习建立conda环境（引自生信星球）
- 查看当前环境：
conda info --envs
显示为*，表示默认 - 建立新环境：
conda create -n 环境名称 python=版本号 软件名1 软件名2 软件名n -y，如conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y表示建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic - 激活新环境：
conda activate 环境名称，如conda activate rna-seq - 卸载环境中的软件：
conda remove -n 环境名称 软件名称 -y，如：
conda remove -n rna-seq fastqc -y
退出当前环境：conda deactivate
卸载某个环境：conda remove -n 环境名 --all
Linux软件安装
