hic

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hic相关研究背景

染色体构象捕获^[1]（英语：Chromosome conformation capture，简称为3C）是一种用于分析细胞自然状态下染色体组织形式的高通量分子生物学技术。对于理解并评价基因调控、DNA复制和修复来说，研究染色体的结构性质和空间组织是尤为重要的。

影响基因表达的染色质相互作用的例子之一是：染色体区域折叠可以将增强子及相关转录因子带到基因附近，这一点首次在β-珠蛋白结构域中获得证实^[2]。染色体构象捕获使得研究者们可以根据上述的细胞机制来研究对染色质活性产生影响的因素。这一技术对研究模式生物和人体中遗传学及表观遗传学很有帮助。

基于原始的3C技术，现已发展出多项新的技术，这些技术可增加一条染色体与其它染色体及其它蛋白之间进行定量的通量。这些所有的3C相关的技术大致可被分为四类：（1）3C和ChIP版本的3C（ChIP-loop assay）、（2）4C和ChIP版本的4C（增强型4C）、（3）5C和3D检测以及（4）基因组构象捕获（GCC）相关技术（Hi-C）和ChIP版本的GCC（也被称为6C）。在4C、5C和Hi-C中通过微阵列和高通量测序手段对DNA片段进行分析的应用使得对染色体交互作用的分析进入全基因组规模。

染色体构象捕获技术

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hic 与其他技术比较

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名词解释：

TAD:拓扑相关结构域

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单体型：位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称作单体型（haplotype）
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相关的网址：

hicFindTADs

https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/tools/hicFindTADs.html

https://www.jianshu.com/p/bec42effae6f

hic数据处理工具比较

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-015-0831-x

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HiC-Pro workflow

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