生信人也要学学拉丁文
对每一位生信人来说，从迈入生信门槛时开始，就开始同各种语言打交道。除了各种计算机语言外，就是英语了。相信大家在语言上一定都做了不少功课。所以，今天我们来聊一个新的话题——拉丁语。
提起拉丁语，你会不会想到的是下面这些画面：
不错，不论是拉美文学、探戈，还是足球，都代表了最广为人知的拉丁美洲文化元素。其实，广义上说拉丁国家不止拉美。国际上有一个拉丁语联盟，共37个成员国，除巴西、阿根廷、墨西哥等拉美国家之外，还包括法国、意大利、西班牙、葡萄牙等欧洲国家（下图）。
总部设在巴黎的拉丁语联盟分布图
一般认为，拉丁语是一种死语言，没什么革新，规则固定，而且是拼音语言，也就是字母在单词里的读音和字母单独的发音统一。曾几何时，作为罗马帝国的官方语言，拉丁语伴随着帝国版图的扩张和凯撒大帝Veni, vidi, vici（第一句拉丁文出现了，答案文末公布）的雄心万丈延伸至欧洲大陆的许多角落。今时今日，我们只能从梵蒂冈圣彼得大教堂的祷告声中想象拉丁语往昔的辉煌。其实，很多现代语言都是由拉丁语进化过来的。这些语言属于罗曼语族（Romance），意思是罗马（Rome）人说的语言。属于罗曼语族的语言包括意大利语、法语、西班牙语、葡萄牙语、罗马尼亚语等（这也是前一段所提拉丁语联盟包括许多欧洲国家的原因）。
BTW：英语，同德语、荷兰语、瑞典语等都属日耳曼语族：这大概也是德国人是除了母语人士外英语说得最好的原因所在吧。
对广大生信工作者来说，拉丁文其实并不陌生。最为熟知的拉丁文莫过于de novo。从字面上解一下，de是from，而 novo就是new。所以合在一起，就是从头（from the beginning）。在生物信息学领域，到处是de novo：de novoassembly，de novoprediction，de novodesign，说的是算法上的“从头”。当然，也要分语境，如果一个生信人千辛万苦写的程序发现一开始有个地方搞错需要重写，这时候一句“de novo”透露的是生信人一份“从头再来”的无奈。“从头”在拉丁文里还有另一个相同意思的词：ab initio。拆解一下，ab是from，initio是开始（英文的initial衍生于此词）。再来一个，a priori，这个词相信广大生信人也很熟悉，“先验”的意思。与之对应的是a posterior：“后验”。
不光是生信人，所有从事生物、医学相关领域工作的科学家几乎都要同拉丁文打交道，这一点，对于生信人里搞进化、比较基因组学方面的朋友们来说更为重要，因为牵扯到一个重要的生物学概念：双名法（binomial nomenclature）。什么是双名法？提到说明法，就不得不说一个人——林奈（Carl Linnaeus）。
林奈于1707年出生于瑞典，结束学业后，他周游列国进行科研工作。1741年林奈决定著名学府乌普萨拉大学（Uppsala University）担任教授【1】。乌普萨拉大学的师生们闻讯后纷纷到校园外迎接这位久居国外的著名学者，高喊着“Viva Linné! Viva Linné!”的欢呼口号。
BTW：最后这句话，Linné是林奈的瑞典语名，我们在外文文献中经常看到的Carl Linnaeus是拉丁化名，这在当时的瑞典学界很兴。Viva是拉丁词，万岁的意思。
林奈（左）和坐落于乌普萨拉大学内的林奈博物馆（右）
在担任乌普萨拉大学教授期间，林奈遍游各地，采集了很多动植物标本。1753年，林奈出版《植物种志》（Species Plantarum）一书，并在其中给出了双名法的命名规范【1】。此后，双名法慢慢成为生物学界给物种起名字的标准。双名法规定，物种名以拉丁文命名，并由两部分组成，首部分为属名（genus name），为名词，第二个部分为种加词（specific epithet），为形容词，用以修饰种名。比如说，人这个东西，英文里可以叫human，human being，person，man，mortal，中文里简单的说“人”，严肃的讲“人类”，诙谐的叫“一撇一捺”，文艺的称“万物灵长”，总之，有许许多多的别名、花名、小名。但在生物学里，它有一个由拉丁文书写的学名：Homo sapiens。实际上，说Homo sapiens和“人”这个概念划等号严谨地说是有些不妥的。我们看一下这个词的原意。属名Homo的拉丁语意为人类（human being），修饰它的种加词sapiens是聪明（wise）的意思。所以连在一起，就是wise men，中文有一个更简明的称谓：智人。看到了吗？种加词sapiens是形容词，修饰属名homo。所以严格地说，生物学上的Homo sapiens是智人。著名的非智人尼安德特人（Neanderthal）学名为Homo neanderthalensis，意为在一个叫尼安德特的地方发现的人。
换一个物种，经典模式生物黑腹果蝇Drosophila melanogaster。属名Drosophila由两个词拼成，droso的意思是露水，phila是喜爱的意思；种加词相仿，melas是黑色的意思，gaster表示腹部。合在一起：一种拥有黑色腹部的喜欢露水的动物。
最后上一个微生物：大肠杆菌Escherichia coli。虽然很小，但请不要小看它，六位科学家正是因为对它的培养而被培养为诺奖得主【2】。这回属名和拉丁文起源无关，它源自一位奥地利医生埃舍里奇（Theodor Escherich）的姓氏：1885年，正是埃舍里奇在人类结肠中发现了大肠杆菌，并命名为（Bacterium coli commune），而coli，也就是现在大肠杆菌的种加词，拉丁文里是结肠的意思。后为纪念埃舍里奇的贡献，用其拉丁化的姓氏的拉丁化写法Escherichia命为属名，成为大肠杆菌的正式学名。
除物种名外，实验过程中，生物学家们还会用到以下几个高频率拉丁文词：
in vitro : within the glass（试管内，意译为体外）
in vivo: within the living（体内）
in situ : 在原位，有一点介于以上两个的意思，生物学里著名的实验技术in situ hybrid（原位杂交）。
in silico：silico是一个假拉丁词，由silex衍生而来，实际上是仿照in vivo和in vitro表示“在硅中”，意译为“靠电脑进行”。
in utero：对于脊椎动物来说，这里孕育着新的生命。
一系列in vivo，in vitro，in silico的实验做完了，接下来就要写文章了。写论文的时候最常见的一个当属引文里不断出现的et al.，注意到它后面的黑点了吗？这说明它是一个缩写，原词为et alia，et指and，alia的意思是others。
写文章，不免要举一些例子，这是我们会说e.g.（for example）。如果你认为e.g.是是example前两个字母的读音，那就错了。e. g.也是一个拉丁文缩写，全词exempli gratia，意为for the sake of example。例子举不胜举，我们会用etc. 拉丁文原词et cetera。有时，为了换一种说明方式，会用i.e. 其拉丁文原词为id est，表示that is to say（即是）。
文章写完了，需要发给其他作者看，就要写邮件。写邮件有时候会在最下面加上P. S.，其实它源于拉丁文post scriptum，意思是“附言”。
文章发表了，当然值得庆贺一番。也有少数文章，由于种种原因，在正式出刊后会再发一个声明进行勘误，这个勘误，有的期刊叫correction，有的文绉绉一些，会用一个拉丁文erratum（写错、排错、 错误），比如下面这篇文章，就是一位来瑞典自林奈中心的科学家对自己此前文章的一个小勘误。
积攒了一定数目的文章后，也许要开始寻找下一站了。此时，你可能要给心仪的老板写信，信上还会附上自己的简历，也就是C.V.，它也是一个拉丁词组的缩写curriculum vitae。也有一些场合喜欢用resume，这个词来直接源于法语résumé，原是“总结”的意思，后来演变为今天“简历”的意思。
BTW：这两个单词意思相仿，有人指出CV在英式英语里更常用，而resume在北美更普遍。小编所在的加拿大魁北克省（下图红色）是一个特例，由于历史原因，这里大多居民讲法语。小编特地查询了蒙特利尔市的麦吉尔大学（McGill University）的一份资料（这是一所英法双语国的最大法语城的著名英语学府），是这样说的：两个词在魁北克地区通用，如要严格区分，C.V.更常见于学术界，长度较长（其实长不长主要取决于publication有多少了），而resume相对更有针对性，短小精悍【3】。
然后，对于申请出国的同学，如一切如愿，你将顺利踏入钟意的学府。许多国外大学都有拉丁文版的校训。下面三所大学的拉丁文校训，有没有发现共同点？
剑桥大学：Hinc lucem et pocula sacra（求知和学习的理想之地）
耶鲁大学：Lux et Veritas（光明与真理）
麻省理工：Mens et Manus（手脑并用）
对了，就是都有et这个词，前面提到了，是and的意思。如果实在忘了，对照后面的中文翻译也不难猜出来。
关于在写作里以上拉丁词是否要斜体，好像是见仁见智，写成正体也是可以的。对于物种名来说，属名和种加词一般是斜体出现。了解的朋友欢迎下方留言了。
最后，公布文章开头凯撒Veni Vidi Vici这句名言的翻译，你猜对了吗？
引文
1. Wikipedia: Carl Linnaeus
https://en.wikipedia.org/wiki/Carl_Linnaeus
2. 新浪科技：拿下6个诺奖、年收千亿美元“明星”，就藏在你身体（2019）
3. McGill University: How to Write a CV.
本文为作者原创，原载于生信人微信公众号
