快速构建多个基因的系统发育树
2023-09-12 本文已影响0人
球果假水晶蓝
# 多序列比对
mafft --auto raw.fa > mafft.out
seqkit seq -w 0 mafft.out > mafft.fasta
# 裁剪序列
trimal -in mafft.fasta -out mafft_trimal.fasta -automated1
# 用不同的模型计算
FastTree -boot 1000 mafft_trimal.fasta > JTT_20230913.tree
FastTree -lg -boot 1000 mafft_trimal.fasta > lg_20230913.tree
