R读入大文件
2019-04-03 本文已影响0人
KK_f2d5
在建立好了模型后，需要倒入实际运用数据来操作。
把很大，甚至几个G的文件导入到R是一个问题。
尝试使用read.table(),snp位点太多，即使很少个体也需要很长时间，并且内存不够。所以我们删除raw文件的前六列，只保留geno文件，以matrix形式读入。
我们可以采用：
awk '{for(i=7;i<NF;i++)printf("%s ",$i);print $NF}' new-small.raw>new-small-geno.raw
wc -l new-small-geno.raw
awk '{print NF}' new-small-geno.raw #列数
sed -i "" '1d' new-small-geno.raw #mac上操作需要""
smasnp<-matrix(scan(file="new-small-geno.raw",what=integer(),sep="\t",na.strings = "NA"),12,784256)#R
那真是速度相当快
