11.6 RNA-seq表达rpkm数据操作实践（一）

在网上下载了txt文件，是rpkm，但是基因id中的名称搜索不到匹配内容。

试一下用r注释：https://www.jianshu.com/p/ae94178918bc

1、我们先下载r包：

install packages失败可以：

  source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

  biocLite("AnnotationHub")   （括号内是安装的包）

library(AnnotationHub) 

ah=AnnotationHub()   可以说是加载得相当慢了。。。。

ah$species[which(ah$species == "Arabidopsis thaliana")]   查看你的物种在不在

   也可以使用：grs <- query(ah, "Arabidopsis thaliana")   query函数

2、用DESeq2处理数据

https://www.jianshu.com/p/3a0e1e3e41d0

得到的结果

测序数据做为countdata使用，要自己提前做一个coldata。全部按照网页教程做，有一步：

conditions<-factor(colnames(mydata))  这样比较方便

整个操作进行了一遍后发现，有很大的问题。

首先deseq2不支持没有重复的数据，其次数据必须是整数，rpkm不是。所以我们白做了，rpkm数据可以直接画图了，但是想要得到p值检验等我们需要倒推到read count才可以。