计算重亚硫酸盐转化效率

    全基因组甲基化（Whole-genome bisulfite sequencing, WGBS）：使用Bisulfite处理基因组，可将基因组中未发生甲基化的C转换成U，进行PCR扩增后变成T，因此可以与具有甲基化修饰的C碱基区分开。原理如下：

        图源：http://www.bio-city.net/index.php/NewsProducts/conts/id/3982

        一般来说，进行甲基化分析时要对重亚硫酸盐的转化效率进行评估，转化的高效率是之后分析的基础。通常WGBS建库时会加入内参lambda DNA序列，以其作为参照评估重亚硫酸盐转换效率，其精准性已得到证明（1）。

        使用MethylExtractBSCR.pl进行计算，基本思路是将甲基化比对的sam文件中 λ-DNA序列与原始序列进行比较，计算转换效率。因为我原来比对时没有在参考基因组中加入λ噬菌体序列，所以这里以λ噬菌体基因组为参考基因组，重新做比对，计算转换效率。步骤如下：

      1. 使用Trimmomatic对甲基化测序数据去接头；

      2. 对参考基因组建立索引（即λ噬菌体基因组）；

                 因为参考基因组小，这一步非常快，不到一秒；基因组下载链接如下：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/215104

      3. 将甲基化数据比对到参考基因组上

      4. 将比对结果去冗余；

      5. 使用MethylExtractBSCR.pl计算甲基化转换率。

                    脚本下载地址：https://github.com/bioinfoUGR/methylextract

1.https://patentimages.storage.googleapis.com/d4/87/aa/317b549a257dac/CN103088433B.pdf