circos画图中links文件生成

文件格式要求

chr-a    start-a    end-a    chr-b    start-b    end-b options
chr9    4210121 4211225 chr10   19666298    19668816    color=140,105,20
chr9    4221308 4222192 chr10   19647682    19648089    color=140,105,20
chr9    4225247 4230980 chr10   19439605    19445179    color=140,105,20
chr9    20249400    20252312    chr11   798933  803498  color=140,115,20
chr9    20307676    20311487    chr11   792810  795351  color=140,115,20
##文件共有7列，使用tab分隔；每一行表示一对有联系的区域，前3列和后3列分别定义一个区域，最后一列为颜色

如何生成该格式？

• 生成共线性文件

  NTX_1g01972 1972    NTX_1g01973 1973    1
  NTX_1g01980 1980    NTX_1g01979 1979    1
  NTX_1g01982 1982    NTX_1g01983 1983    -1
  NTX_1g01988 1988    NTX_1g01987 1987    1
  NTX_1g02003 2003    NTX_1g02002 2002    1
  NTX_1g02004 2004    NTX_1g02003 2003    1
  ##这是共线性文件（在wgdi的共线性分析中生成）
  

  1   NTX_1g00001 12237   16451   -   1   chr1.g00002.1
  1   NTX_1g00002 58474   59181   +   2   chr1.g00003.1
  1   NTX_1g00003 59836   67849   +   3   chr1.g00004.1
  1   NTX_1g00004 67865   69721   +   4   chr1.g00005.1
  ##这是wgdi生成的特殊比对gff文件
  

  awk -F "\t" '{print $1 "\t" $3}' 002.con | awk '/^NTX/{print $1}' | xargs -I {} grep {} ./NTX.gff | awk '{a=substr($2,1,8)}{print a "\t" $3 "\t" $4}' > 1.tmp
  awk -F "\t" '{print $1 "\t" $3}' 002.con | awk '/^NTX/{print $2}' | xargs -I {} grep {} ./NTX.gff | awk '{a=substr($2,1,8)}{print a "\t" $3 "\t" $4}' > 2.tmp
  paste 1.tmp 2.tmp >link.tmp
  ##把文件按照共线性文件生成新格式
  ##excel打开文件，去除掉染色体内的比对（if语句即可）
  

• 给共线性文件添加颜色

##文件添加rgb颜色
##把文件输入到excel
#使color第二列为=MID(A1,4,2)*10+50，第四列为=MID(D3,4,2)*10等，可自行设置喜欢的颜色，之后到txt中去掉所有tab
#即可得到与两条染色体都相关的颜色代码，复制粘贴到links文件中，如下
chr1    4733065 4735993 chr18   13798474    13801492    color=60,185,20
chr1    4875770 4881299 chr18   14176762    14182099    color=60,185,20
chr1    24033076    24034330    chr2    25586015    25587734    color=60,25,20
chr1    24037473    24041511    chr2    25592131    25596678    color=60,25,20

#运行
circos -conf circos.conf