【生信人R软件入门】R语言的简单介绍

各位菜鸟团的小伙伴咱们又见面了，我是青盐，一只努力学习，并致力于在新疆推广生信的菜鸟。

上周在Jimmy老师的指导下练习了一篇“如何使用R语言找出某一个通路的所有基因名字”，推文发出后，发现有很多初学的伙伴对R语言不是很熟希。

我从13年开始学习R语言，到现在应用R软件大概有5年多了，但主要偏重于生物统计和数据分析方面的应用，并没有涉及到生信方面的内容。

最近放假把Jimmy老师在B站分享的“生信人应该这样学R语言系列”视频看完了，很涨知识，也很感谢Jimmy老师的无私分享。

之前也跟大家说过，我会每周至少更一篇学习笔记，说到就要做到，接下来的一段时间我会结合在B站的学习内容，分享一些R语言的基础知识。

今天主要简单的介绍一下R软件的安装，Rstudio的介绍以及包的介绍，与初学R语言的伙伴们一起学习，共同进步。

一、R语言起源

R语言的前身是S语言，S语言诞生于John M.Chambers领导的贝尔实验室统计研究部。1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka基于S语言合作开发了一门新的语言，根据二人的名字首字母，将其命名为R。

R是开源软件，代码全部公开，对所有人免费。它可以在多种操作系统下运行，例如：Windows、linux、Mac和Unix等。R需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理运算，语法简单灵活。

二、R软件下载和安装

R软件可以在官网 https://www.r-project.org/ 上免费下载。Linux、Mac OS X和Windows都有相应编译好的二进制版本。点击 download R 系统匹配版本。目前最新版本为R-3.5.2。

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下载好了R软件之后，安装都是傻瓜式的，一路选择下一步执行就可以。安装成功后，桌面上会出现 R 图标，点击打开 R，出现 R 的 GUI 界面，包括菜单栏、工具栏和 R 的控制台。在控制台可以输入R代码，执行相关操作。

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三、Rstudio 介绍

由于R软件自身携带的编辑器不太好用，这里推荐Rstudio，它是专门用于R语言环境的IDE。Rstudio可以从其官网 http://www.rstudio.com/ 上免费下载安装。

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从上图可以看出，最上面是Rstudio的工具栏，工具栏下面总共有四个工作区域，左上角是代码编写区，左下角也可以编写代码，同时也能输出运算结果。右上角是workspace和历史记录。右下角有四个主要功能模块，Files是查看当前workspace下的文件，Plots显示绘图结果，Packages显示已经安装的包，点击选中左侧的方框载入包，Help是用来查看帮助文档。

四、R程序包介绍

之所以安装R程序包，是因为特定的分析功能，要用相应的程序包来实现。R程序包是多个函数的集合，具有详细说明和示例。Window下R程序包是已经编译好的zip包，Mac下为编译好的dmg包。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。

目前在R官网上有13670个程序包，涵盖了基础统计学，社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学以及生物信息学等诸多方面。

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电脑上存储包的目录称为库(library)，运行函数library() 可以显示库中有哪些程序包，使用函数.libPaths()显示库的位置。R语言自带了一系列基础包，例如base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats以及methods等,它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。

如果已经连接到互联网，可以使用函数install.packages()进行安装，在括号中输入要安装的程序包名称，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。也可以在工具栏点击Tools菜单下的 Install.Packages进行安装。

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包安装好了以后，需要运行library()函数载入包，才能使用里面的函数和数据集。使用函数search()可以查看载入内存的R程序包，使用函数update.packages()可以对已经安装的程序包进行更新。

参考文献：

[1]https://search.bilibili.com/all?keyword=生信技能树&from_source=banner_suggest&spm_id_from=333.334.b_62616e6e65725f6c696e6b.2