使用ComplexHeatmap包绘制复杂热图(pheatmap

2020-04-26  本文已影响0人  你猜我菜不菜

之前绘制热图主要使用pheatmap,开始觉得这个包又简单又美观,但用多了以后自己对热图要求高了,发现这个包不是太灵活,很多细节没有提供参数来调整,一些需求需要自己调用底层的grid画图系统来写函数进行修改,自己对R并不是特别熟练对grid也不熟悉。


使用pheatmap中存在一些细节问题。

  1. 如何调整热图行列名水平方向和位置,有时候想水平,有时候想垂直,有时候想倾斜45度,还有调整水平和竖直位置。
  2. 如何调整legend图例的位置,标题,文本以及颜色。比如将图例水平放置于热图的底部。
  3. 如何展示复杂的热图注释信息。

在谷歌中寻找上述问题的解决方法过程中,很多人推荐ComplexHeatmap, 看了这个包的帮助文档,太强大了,一时都不知道如何下手,等下次有热图需求了再来记录学习过程。

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