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好用的数据库推荐-miRNA数据库

2019-12-25  本文已影响0人  程凉皮儿

在解螺旋的公众号看到这个工具感觉很有用,觉得可以安利一波。
最近接到曾老师的任务看非编码RNA调控相关的文献,写读书笔记,天知道我自己课题方向的论文都没有看很多,捂脸,但是,关于表观调控方面一直是研究的热点,未知之谜也很多。
刚好自己的课题将来也涉及相关的内容,还是可以探索一下的。

闲话少说,正题:这个数据库就是华中科技大学郭安源教授课题组开发的miRNA SNP V3
链接:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP/#!/

数据库主页
来看一下,它能做什么呢?
比如在搜索框输入关键词,看文献的时候看到线粒体肌病相关一个mi-RNA:很重要,来看看输进去有什么结果

其实在搜索框中浅灰色已经有提示了,可以查miRNA/Gene/SNP,在看看示例的数据搜索框下方有3个示例,可以一一点开来看看:


第一个hsa-miR-10b-5p的搜索结果

分成4个模块展示分别是最上方的,miRNA detail,Target gain with SNP in seed, Target loss with SNPs in seed以及Target genes enrichment analysis.
当前页面展示的是默认的第一个模块的内容,关于这个miRNA的目前已知的相关信息,包括序列信息,表达信息,还有药敏相关结果,真的是很棒了。
然后是第二个模块:


靶向上调的SNP相关信息
第三个模块:
靶向下调的SNP相关信息

第四个模块


富集互作基因相关信息

当然了,关于小RNA的研究策略还有很多,生信技能树的专题目录了解一下。

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