2019-02-13批量将文件以文件夹名字命名

运用SPAdes拼接完细菌基因组候，拼接完的结果保存在OutFileName/contigs.fasta，通常需要重命名然后下载到本地计算机进一步分析。在样本多的情况下，批处理命令可以帮我们快速对这些完成的contigs进行重命名，方法如下：

for contigs in `find . -type f -name "contigs.fasta"`; do FolderName=$(dirname \
$contigs); cp $FolderName/contigs.fasta $FolderName/${FolderName}_contigs.fasta; done 
#  for  ；do ；done 运用了linux shell的for循环
# `find . -type f -name "contigs.fasta"` 是一个查找文件名的一个非常有用的命令
# 在for循环中嵌套其它的命令时，要用反单引号（tab键上面），不是单引号
# find 命令中的 . 是当前目录，-type 是参数，f 表示选择文件，-name 是参数，"contigs.fasta" 是选项。

rename_script.sh

#!/usr/bin/bash
for contigs in `find . -type f -name "contigs.fasta"`; 
do 
  FolderName=$(dirname $contigs); cp $FolderName/contigs.fasta $FolderName/${FolderName}_contigs.fasta;
done 

在contigs上以及文件夹下(assembly/strain1/contigs.fasta)即assembly内执行脚本

bash rename_script.sh

完成