190926【R语言作图】实时定量PCR(RT_PCR)

① 输入ct值，直接导出带误差线的柱状图。
② 使用到的R包，"pcr",官方包的安装和使用教程详见：https://www.rdocumentation.org/packages/pcr/versions/1.1.2

rm(list=ls())
library(pcr)
library(ggplot2)
#读取数据
rt_ct <- data.table::fread(file = "test_CT_value.csv",data.table = F)
rt_ct_1 <- rt_ct[,-1]

rt_ct
rt_ct_1

group_var <- rep(c("sampleA","sampleB","sampleC"), each = 3)
#使用2-△△t方法，以sampleC的GAPDH为基准，也就是最后呈现的图，相对表达量为1。
res <- pcr_analyze(rt_ct_1,
                   group_var = group_var,
                   reference_gene = 'GAPDH',
                   reference_group = 'sampleC')
#数据保存下，看些里面都有什么
write.csv(res,file = "test_Caculated_results.csv",row.names = F)

计算并导出的数据如下表

res

#画图
pdf("test_Relative_expression.pdf", width = 3,height = 5)
ggplot(res, aes(x=group, y=relative_expression)) +
  geom_bar(stat = "identity",fill="skyblue") +
  geom_errorbar(aes(ymin=lower, ymax=upper),colour="orange") +
  ylab('Relative_expression')
dev.off()

画出的柱状图如下：

image.png

这个图的美观度我就不说什么了，可以自己调整参数来修改，这个包还是比较方便的。