给女朋友写的生统资料_Part1

因为深感生统的节奏比较快，可能女票跟不上节奏，所以写了一个简略的manual，只针对生统的一些相关操作，不涉及高深的R操作。如果大家觉得还要加什么东西，可以在下面留言。

前期准备

• 语言问题:

对于 R 或者 R studio来说，我非常建议把语言更改成英文。这样，在你报错的时候，比较方便去搜索

• 工作路径：

对于有R studio的来说，频繁地切换 setwd 和 getwd 可能不是一个很好的选择。所以我比较推荐新建一个Project，这样你每次你的任务都会是独立的。新建完Project之后你就可以把作业相关的数据放在你的Project里面。在后面读取的时候，就不用切换 setwd 或者打一大串目录了。

• 保存问题：

我比较推荐的是在Tools-Global Options—General那里，将Save Worksapce to .RData on exit那里设置为Never。这可能会导致你每次打开你的Project，变量都还得重新打一遍。但这可以保证你的代码的可重复性。

• 镜像及安装问题：

生统课上的如果包都很小，所以镜像设置其实是无所谓的。
如果想安装某个包的话，使用如下代码

## 以安装pwr包为例，注意加引号
#install.packages("pwr")

数据读取

生统课上用到的文件一般给的都是 txt 或者 csv 文件，这意味一般着只需要使用 read.table 这个命令来读取文件就可以了。
让我们先来看一下read.table这个函数怎么用。

?read.table

不懂的时候寻求谷歌或者?+命令，是一个很好的习惯

你会发现read.table()里面跟了一大堆东西，其中跟我们可能相关的是

• file：代表你要读的文件路径
• header：表达你是否要添加表头，默认值是FALSE，我们一般要设置为TRUE
• sep：sep代表是你用什么样的形式来分割你读取的文件，一般生统的文件可能会以空格，制表符，逗号来分割。分别对应sep = " "，sep = ","，sep = "\t"

我们来尝试读一个文件

test1 <- read.table("rawdata/test1.txt",header = T)
head(test1)

##   yield seed
## 1   383    1
## 2   406    1
## 3   351    1
## 4   400    1
## 5   390    1
## 6   361    1

• 这里我们用了 header = T ，这样我们的数据就会有表头，或者说列名了。即 yield 和 seed。

• TRUE和T是等价的，同理FALSE和F也是等价的。

• csv是本质上是用逗号分割的文件，所以我们在读的时候加上 sep = "," 即可。

• head代表的是你只输出你数据的前几行。同理，tail输出后几行。

• 再次提醒一遍，感觉不懂命令是什么时候用?或者谷歌。

• 你还可以用row.names=1，来将第一列当作行名。