快速修剪-多序列比对结果-构建靠谱的进化树

写在前面

年初在汕头婚宴上，我问一个朋友，现在在做什么工作。他回复了我：

但行好事，莫问前程。

现在看来，挺好。

构建进化树的基础是序列对齐，或者说多序列比对。做序列对齐的主要目的是，确定所有序列的同源位点相互对应。目前存在各种各样的多序列比对算法，但是不存在一个算法能够绝对地保证其能进行完美的位点对应。此外，我们还需要考虑，我们用于比对的序列可能存在一些错误或者删除和缺失。所以，一般在我们得到多序列比对结果之后，用于进化树构建之前，我们会多序列比对结果进行修剪。

针对多序列比对修剪，目前存在各种各样的操作，其中包括：

1. 人工修剪，换句话说，看心情，想删除哪些就删除哪些
2. 删除所有含有gaps的位点，大体也可以人工删除
3. 删除不保守位点，比如使用G-blocks等软件
4. 删除含有一定比例gaps的位点，比如使用MEGA内置的算法
5. 按照位点信息量进行删除，比如使用trimAL
   ...

基于个人的项目经验，一般我们都直接使用trimAL。而早前课题组的师弟师妹在做一些家族鉴定工作时，提到能否在界面下（windows/macOS）使用trimAL。我一直没做回应。不过我觉得这个事情过于简单。所以在某一天，我已经将其打包进去。于是，现在TBtools中存在三个多序列比对结果的修剪逻辑。

1. 按照一定比例删除gaps，模仿mega
2. 删除不保守位点，参考G-blocks的文献，我重新用Java写的
3. trimAL，这个软件还在更新，所以我选择直接调用

功能界面如下

从图片上来看，这三个功能都只是

• 输入文件或者直接黏贴文本（对于trimAL，我加了自动识别多序列比对格式识别功能，支持的格式很多，包括faslta，clw....）
• 输出文件或者直接输出文本（对于trimAL，支持多种输出格式，faslta，clw....）
• 一定的参数控制
• 隐藏功能，剪切完自动可视化剪切结果

输入的多序列比对结果

输出的剪切后的结果

写在后面

并没有太多需要说的。我也不想花过多的时间，介绍这个使用起来过于简单的工具。