生信星球培训第五十九期

Day6-Alexander

2020-05-24  本文已影响0人  Alexander_Le

每日任务

\color{brwon}{一、精选一副图片镇楼}
\color{Green}{二、学习基础R包}
\color{brwon}{三、认识及思考}

\color{green}{1.安装和加载R包}

# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/](https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fmirrors.tuna.tsinghua.edu.cn%2FCRAN%2F)"))
options(BioC_mirror="[https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/](https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fmirrors.ustc.edu.cn%2Fbioc%2F)")
install.packages("dplyr")
library(dplyr)
# 当然可以换成其他地区的镜像

\color{green}{2.认识R中内置数据集Iris}

  • 2.1 Iris是鸢尾属植物数据集
  • 2.2 View(Iris)#查看数据,得到5个变量150行的数据集
\color{Blue}{变量名称} \color{red}{解释说明}
sepal length 花萼长度
sepal width 花萼宽度
petal length 花萼宽度
petal width 花瓣宽度
  • 2.3 write.csv(iris,"iris.csv")#把数据输出为csv格式文件保存

\color{green}{3.dplyr五个基础函数纵览}

  • mutate(),新增列
  • filter(),按列筛选
  • arrange(),筛选行
  • summarise(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
  • group_by(),汇总

机械性操作这五个函数就不展示了


\color{green}{4.小试牛刀}

1. 我们可以进行那些操作?
2. R中内置绘图函数我们如何运用?
3. 如何运用上ggplot2函数进行系列操作?

4.1 箱图

boxplot(iris$Species,iris$Sepal.Width,col=brewer.pal(9,"YlOrRd")[3:8])

4.2 散点图

plot(iris$Sepal.Length,iris$Petal.Length,pch=19)

4.3 ggplot中画图比较之箱图

ggplot(data=iris,mapping=aes(x=Species,y=Sepal.Width))+
  geom_boxplot(aes(color=Species))

4.4 ggplot中画图比较之散点图

ggplot(data=iris,mapping=aes(x=Sepal.Length,y=Petal.Width))+
     geom_point(aes(color=Species))

似乎jitter函数更好看

\color{red}{* 认识及思考}

  • 学会把dplyr函数应用到画图中去
  • 多练习一些快捷键 提高写代码速度
  • 认识ggplot2画图的美学,例如颜色和形状的拿捏
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