安装R包MTA遇到的那些事儿

在安装R包MTA时发现有些依赖的包没有安装，反正在家闲来无事，就拿出手记录一下吧：

2020-02-07 14-26-43屏幕截图.png

• 先找一个看着简单的R包fda试试吧：

2020-02-07 14-32-59屏幕截图.png

bingo!安装上了！

• 接着安装toOrdinal,同样是使用BiocManager::install()命令，问题也得到了很好的解决，安装过程就不截图了～

• 在接下来，如法炮制，安装matlib，到这里就遇到问题了，也是我这两天一直在折腾的地方：

2020-02-07 14-59-30屏幕截图.png

有几个包在安装过程中遇到了报错，那就再单独安装一下这几个软件看具体的报错信信息，首先是curl，报错信息如下：

2020-02-07 15-04-05屏幕截图.png

检查$PATH后发现'pkg-config' 是在环境变量中的，但是我之前并未配置过$PKG_CONFIG_PATH，而且在相应目录/usr/local/lib/pkgconfig/下也没有发现libcurl.pc文件，经过网上搜索发现如下做法是可以解决这一问题的：

$wget https://github.com/curl/curl/releases/download/curl-7_55_0/curl-7.55.0.tar.gz
$./configure
$make 
$sudo make install
$export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/lib/pkgconfig/"

哈哈哈哈，我终于搞定了这个问题......继续！

这一问题解决后，立马重新尝试安装R包matlib,原先安装失败的curl、rio、car都成功安装，除了rgl以外，具体的报错信息如下：

2020-02-07 16-01-54屏幕截图.png

在网上查了半天，都在说需要安装可以提供gl.h文件的软件，比如说mesa-common-dev，但是通过查询我使用的服务器上已经安装了相关的软件，把这个文件添加到环境变量中或者重新安装相关也没有作用。

所以我暂时还没有找到解决这一问题的办法，待我再查询一番......ps：安装R包什么的最麻烦啦.......

aaaaa，捣鼓了好久都没有搞定，先不管他了，回头再弄他！

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• adephylo

同样是使用BiocManager::install()安装adephylo，又双叒叕遇到了问题，问题出现在了依赖包sf上：

2020-02-10 10-12-40屏幕截图.png

解决策略是缺啥安啥：

$apt-file search gdal-config
libgdal-dev: /usr/bin/gdal-config
libgdal-dev: /usr/share/man/man1/gdal-config.1.gz
libgdal-doc: /usr/share/doc/libgdal-doc/gdal/gdal-config.html

$sudo apt-get install libgdal-dev

刚才的报错没了，在安装R包sf现在又出了另外一个报错：

2020-02-10 10-34-43屏幕截图.png

单独安装sf查看报错信息`
安装报错：

2020-02-10 16-16-51屏幕截图.png

哎......要疯，捣鼓了一个下午都没把这个sf安上......

-----------再来个手动分割线-------------

突然觉得自己傻暴了......我是在conda的虚拟环境中安装的R 3.6，却一直没想到用conda去安装R包，昨晚上突然回过味儿之后，一直困扰我的问题就迎刃而解了！

这次我不管什么rgl和sf了，直接去安装matlib和adephylo：

$conda install r-matlib
$conda install r-adephylo

经过一串的刷屏后，包成功安装!

• 所有的依赖包都已经成功安装，那么最后就是安装MTA自然也不会再出现什么问题：

2020-02-11 10-36-42屏幕截图.png

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• 来个不成熟的总结

在conda虚拟环境中，若使用以往的方式去安装包或者软件，很容易就会遇到这个库那个软件无法访问的类似问题，我把它归结到conda虚拟环境与系统环境的兼容问题上（可能就是不知道哪里的路径出了啥妖蛾子），最直接的解决方法就是用conda去安装！！省去了恶心的编译过程，当然如果conda没有提供相应的软件或者安装包，那就没的办法了！！

-------------------总结是不成熟的---------

因为服务器昨天恢复至去年10月，我还得重新安装一下相应的包，不过没关系，相信有了先前的经验，这次一定会顺风顺水！

$conda create --prefix=/k11e/pvdisk/fastbase/Users/zhanghuanhuan/projects/conda_env R=3.6
#经检查，目前想要安装MTA，我缺少的包有adephylo、fda、ggplot2、reshape2、toOrdinal和matlib，使用conda install一条命令即可解决问题！
$conda install r-adephylo r-fda r-ggplot2 r-reshape2 r-toOrdinal r-matlib

最后将我提前下载好的MTA package 安装一下就完成拉！

2020-02-12 17-48-31屏幕截图.png

多简单！现在想想之前在那为解决报错抓耳挠腮真是蠢透了......