【数据库】RxnFinder

由胡春楠老师团队开发的生物合成反应数据库（RxnFinder），这个数据库由专门的公司团队在维护更新。下面是官网介绍：

微生物细胞工厂在生产大宗化学品、天然产品、生物燃料等方面有许多重要而有前景的应用。微生物细胞工厂的新瓶颈是如何基于大量的生物合成数据设计反应、酶和途径。该数据驱动一站式信息学平台可作为代谢工程、生物合成和合成生物学的有用工具。专注于数据驱动的生物合成设计平台建设(www.rxnfinder.org),它由以下部分组成:

• (1)生化反应数据库(RxnFinder):我们的团队手动策划300000多个生化反应,10倍KEGG反应,来自550000多个生物合成引用从PubMed检索使用超过40生物合成相关的关键字。链接了10多个第三方数据库，提供了10多种信息学方法。

• (2)酶的发现(ECAssignment):化学transformation-based方法(ECAssigner)提出了酶发现使用生化反应不同指纹和反应相似。

• (3)生物合成途径设计(BioSynther): BioSynther工具是设计开发的生物合成途径之间的分子和目标分子开始,用户可以交互式地设计生物合成途径。生物合成方法最有前途的应用之一是利用现成的化学品生产高价值的化学产品。BioSynther还被开发用于探索前体化学物质的生物合成潜力，使用bkm -reaction, Rhea和超过30万的室内RxnFinder反应手动管理。

• (4)基于细胞的途径优化平台(SynBioEcoli, EcoSynther, LifeSynther):基于上述综合生物合成数据，提出了全细胞建模方法，以优化异质生物合成途径。