Linux环境下的软件安装

Miniconda介绍—来自生信星球

最方便快捷的软件下载器，作用相当于App store，在内搜索软件并安装。

Miniconda安装

打开biosoft目录

cd ~/biosoft

下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

激活

source ~/.bashrc

添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

查看软件列表

conda list

搜索conda软件

conda search fastqc 

安装软件

conda install fastqc -y

卸载软件

conda remove fastqc -y

感受

由于学医没有感受过代码的快乐，这个学期发现了R，发现了生物信息，发现了生信星球，感觉打开了新世界的大门，尤其是看到代码自己一行一行跑出来的时候好快乐啊！