ncbi-genome-download:从NCBI上批量下载序

ncbi-genome-download是一个可以从NCBI上批量下载序列的软件，支持下载细菌、古细菌、真菌、植物、原生动物、病毒等等的序列，同时支持多种格式，如fasta/gbk/gff等。
安装方法，使用conda
conda install -c bioconda ncbi-genome-download

假如我要下载大肠杆菌的全部完成图的fasta文件，序列保存在ecoli文件夹中，则命令如下：
ncbi-genome-download bacteria -F fasta -l complete -g "Escherichia coli" -o /home/hyb/ecoli/

可以输入
ncbi-genome-download -h
查看软件所有参数（只列出我常用的，更多可以安装后运行查看）：

positional arguments:
  group             可以下载的NCBI分类组，可以多个，用逗号隔开
                       如: "bacteria,viral" ,每次先指定，以防忘记。可从下面的选择
                        ['all', 'archaea', 'bacteria', 'fungi',
                        'invertebrate', 'plant', 'protozoa',
                        'vertebrate_mammalian', 'vertebrate_other', 'viral']

optional arguments:
  -s {refseq,genbank}, --section {refseq,genbank}
                        NCBI section to download (default: refseq)
  -F FILE_FORMAT, --format 下载的文件格式，默认.gbk
                       下载多个格式可以用逗号分隔，如: "fasta,assembly-report". 
                        从下面的文件格式选择:
                        ['genbank', 'fasta', 'rm', 'features', 'gff',
                        'protein-fasta', 'genpept', 'wgs', 'cds-fasta', 'rna-
                        fna', 'rna-fasta', 'assembly-report', 'assembly-
                        stats', 'all']
  -l ASSEMBLY_LEVEL, --assembly-level 组装程度
                        多个可选，逗号分隔 : "complete,chromosome". 可选: ['all', 
                        'complete', 'chromosome', 'scaffold',
                        'contig']
  -g GENUS, --genus GENUS
                        Only download sequences of the provided genus. A
                        comma-seperated list of genera is also possible. For
                        example: "Streptomyces coelicolor,Escherichia coli".
                        (default: [])

  -o OUTPUT, --output-folder 输出文件夹                     
  -p N, --parallel N    一次下载序列的个数 (default: 1)
  -r N, --retries N     失败时重连次数 (default: 0)                       
  -m METADATA_TABLE, --metadata-table   保存源数据到一个tab文件中，需自己建并指定 
                      

参考
源github地址：https://github.com/kblin/ncbi-genome-download