照葫芦画图之统计描述(三)

2022-03-01  本文已影响0人  生信宝库

说在前面

本次推文是统计描述的最后一节,此系列的前两节是专门为生信新手入门简单作图所准备的,本次推文我们就来展示一下已经发表的文章中,对统计学描述结果进行展示,并且比较有价值的图表进行复现。

这两张图是Immugent最近在读文献时碰到的,开始还是很好奇这是哪一路神仙,细细读完图注后发现,只不过是对数据分布进行进行展示。

图片

话不多说,我们下面就来复现这幅图。


代码实现

首先,复习一下前两节所学的,对数据先来一个大致了解。

library(ggplot2)
library(ggpubr)
theme_set(theme_pubr())

data("HairEyeColor")
df <- as.data.frame(HairEyeColor)
head(df)

ggplot(df, aes(x = Hair, y = Freq))+
  geom_bar(
    aes(fill = Eye), stat = "identity", color = "white",
    position = position_dodge(0.9)
  )+
  facet_wrap(~Sex) + 
  fill_palette("jco")
图片

考虑到上两节没有讲气泡图的画法,那就再来两种气泡图。

ggballoonplot(housetasks, fill = "value")+
  scale_fill_viridis_c(option = "C")

df <- as.data.frame(HairEyeColor)
ggballoonplot(df, x = "Hair", y = "Eye", size = "Freq",
              fill = "Freq", facet.by = "Sex",
              ggtheme = theme_bw()) +
  scale_fill_viridis_c(option = "C")
图片 图片

好的,下面主角要登场了,然而一行代码就能搞定!

library(vcd)
mosaic(HairEyeColor, shade = TRUE, legend = TRUE) 
图片

小结

从这个图的绘制过程中,我们可以想到的是,其实很多文献中那些高达上的图在理解其内在含义后都很简单;此外,找对工具很重要,如果找不到“vcd”这个包,估计还要折腾很久才能做出类似的图。

好啦,到此,“照葫芦画图之统计描述”系列的三篇文章均已更新完毕,大家如果有其它想学习的图表可以通过后台和我们联系,感谢大家的一路支持!


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