R绘制组间差异显著性图
2020-11-12 本文已影响0人
R语言数据分析指南
ggsignif包提供了一个单层geom_signif,可以计算组之间差异的显着性,并将注释添加到单行中
rm(list = ls())
pacman::p_load(tidyverse,ggtree,aplot,reshape,ggsci,ggExtra,ggsignif)
ggplot(iris,aes(Species,Sepal.Length,fill=Species)) +
geom_boxplot()+geom_jitter(shape=16,size=2,position=position_jitter(0.2))+
geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica"),
c("versicolor","setosa"),
c("virginica","setosa")),
map_signif_level=T,
textsize=6,test=t.test,step_increase=0.2)+
guides(fill=FALSE)+xlab(NULL)+theme_classic()
