matlab,python读取nii格式的医学影像CT数据
2018-06-04 本文已影响0人
悟空宝宝真帅
最近想用LiTS- Liver Tumor Segmentation Challenge的数据集做些事情,下载数据后发现是nii格式的,使用imageJ可以直接读取并且显示还可以进行3D渲染,但是要做处理的话还是需要用matlab或者python进行读取。
matlab读取方法:
使用Tools for NIfTI and ANALYZE image工具包,下载地址如下:
https://cn.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image?s_tid=srchtitle
将工具包解压到MATLAB的路径下,解压后的文件名字为NIfTI_20140122,其实可以是任意路径,使用如下语句即可读取:
addpath('D:\MATLAB\NIfTI_20140122')
info = load_nii ('test-volume-68.nii');
image = info.img;
python读取方法:
使用PyNIfTI包,官网地址如下:http://niftilib.sourceforge.net/pynifti/examples.html#loading-and-saving-nifti-files
使用命令即可安装:
apt-get install python-nifti
使用代码即可读取:
from nifti import*
nim=NiftiImage('example4d.nii')
print nim.filename