matlab,python读取nii格式的医学影像CT数据

2018-06-04  本文已影响0人  悟空宝宝真帅

最近想用LiTS- Liver Tumor Segmentation Challenge的数据集做些事情,下载数据后发现是nii格式的,使用imageJ可以直接读取并且显示还可以进行3D渲染,但是要做处理的话还是需要用matlab或者python进行读取。

matlab读取方法:

使用Tools for NIfTI and ANALYZE image工具包,下载地址如下:
https://cn.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image?s_tid=srchtitle
将工具包解压到MATLAB的路径下,解压后的文件名字为NIfTI_20140122,其实可以是任意路径,使用如下语句即可读取:

addpath('D:\MATLAB\NIfTI_20140122')
info  = load_nii ('test-volume-68.nii');
image = info.img;

python读取方法:

使用PyNIfTI包,官网地址如下:http://niftilib.sourceforge.net/pynifti/examples.html#loading-and-saving-nifti-files
使用命令即可安装:
apt-get install python-nifti

使用代码即可读取:

from nifti import*
nim=NiftiImage('example4d.nii')
print nim.filename
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