iGenomes的gtf有些不对或者过时

2022-06-08 本文已影响0人可能性之兽

在做小鼠的转录本的定量的时候发现有个基因在NCBI上有四个转录本，但是发现自己定量出来却只有两个，搞了半天才发现自己从iGnomes上下载的基因组文件中的gtf真的只有两个转录本，这说明iGnomes的版本是有些滞后的

所以如果做转录本的话偷懒可能是不行的，还是要自己下载比较新的基因组和GTF，然后构建index