Seurat中的DefaultAssay

在做整合分析的时候发现这个参数被改来改去，竟然还不知道是什么意思。

问题：设置DefaultAssay 为"integrated" 或 "RNA"是什么意思，他们有什么区别么？

在Seurat的官方教程中：https://satijalab.org/seurat/v3.2/immune_alignment.html

# 进行整合分析
DefaultAssay(immune.combined) <- "integrated"

# 进行识别保守细胞类型标记
DefaultAssay(immune.combined) <- "RNA"

数据集成过程将返回一个“修正”值的矩阵。

1.设置为integrated可以理解为：这是整合后的数据。您可以将其看作批处理调整的数据。

2.将DefaultAssay设置为“RNA”，意味着接下来的分析将基于原始值。

3.可以使用整合的数据进行聚类。但是对DE使用integrated是不合适的，而且大多数工具只接受原始的DE计数。

参考：https://www.biostars.org/p/399789/