2023-11-10 | Wilcoxon秩和检验+小提琴图&箱

Wilcoxon秩和检验，英文为Wilcoxon rank-sum test，用于检查两组数据平均值是否有显著性

可以看作非独立样本 t 检验的一种非参数替代方法

如果数据无法满足 t 检验或者方差分析的假设，例如变量呈明显的偏态分布，或者组间不具有方差齐性，我们可以采用非参数方法。
对于两组非独立样本，可以使用 Wilcoxon 符号秩和检验来评估观测值是否是从相同的分布中抽得的。

all = read.table("all-cnv.windowed.weir.fst",header=T)
select = read.table("CNV-selection.windowed.weir.fst",header=T)

x = all$WEIGHTED_FST
y = select$WEIGHTED_FST
wilcox.test(x,y,alternative="less",exact=FALSE,correct=FALSE)

小提琴图（内部包含箱线图）

library(ggplot2)
library(ggthemes)
a=read.table("chart-selection_all-CNV.txt",header=T)

ggplot(a,aes(x=G,y=FST, fill=G))+
  geom_violin()+
  geom_boxplot(fill = "white",  size = 1,  width = .2)+
  geom_hline(yintercept = 0.4318, linetype = "dashed", color = "black")+
  labs(x="",y=expression(paste(italic('F')[ST],'-SNP')))+
  theme_few()+
  theme(legend.position = "none")+
  theme(axis.text = element_text(face="bold"))

或者使用ggpval在ggplot2图形上简单快速添加统计P值

library(ggpval) 

## 默认为Wilcoxon秩和检验
add_pval(p, pairs = list(c(1, 2)), response = 'FST')
# p 为之前的绘图函数
# 指定1组和2组进行比较
# response指哪一列进行检验

# 除了添加P值外，还可以指定文本注释，当指定添加文本注释时，统计检验不会进行
add_pval(p, pairs = list(c(1, 2)), response = 'FST',
         annotation = "指定文本注释")