Ubuntu下Aspera connect的安装与使用

本文参考https://www.jianshu.com/p/9142911b2e15

首先，要搞清楚一个问题，在windows下使用aspera就在windows环境下进入aspera官网（http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?lis），在linux下使用就要从linux系统中进入那个官网地址，下载的才是linux版本，然后进行下载安装。

安装Aspera connect

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##创建目录，并将下载好的压缩包移至该目录下（此步省）

$ mkdir /home/manager/sda4/aspera_connect

##解压，在aspera_connect路径下解压安装包，命令为...，解压后发现多了一个以.sh结尾的文档（ibm-sdpera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh）

$ tar -zxvf aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz

##安装，还是在刚才的路径下输命令

$ ./ibm-sdpera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh

##输完上面的命令，则开始安装，bash界面会弹出以下文字

Installing IBM Aspera Connect

Deploying IBM Aspera Connect (/home/manager/.aspera/connect) for the current user only.

Install complete.

##将aspera的目录添加到环境变量（注意上面括号中的路径）,将打印出的路径重定向给~/.bashrc

$ echo "PATH=$PATH:/home/manager/.aspera/connect/bin/" >> ~/.bashrc

##强制执行命令

$ source ~/.bashrc   ##安装完成，检查安装是否成功可输ascp -help弹出一些参数则为成功安装好。

Aspera connect 的使用（利用ascp下载SRA数据）

网址为若要下载SRP数据，则下载网址为（https://ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP069/SRP069066/SRR3134025/SRR313402）；若下载SRR为（ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR304/SRR304976/SRR304976.sra）

##命令结构（ascp -i [私钥] -T -K 1 -l [最大传输速度] [下载地址及SPA数据编号] [下载输出位置]）

$ ascp -i /home/manager/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l 500m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP069/SRP069066/SRR3134025/SRR3134025.sra /home/manager/RNAseq/data

## -i  ****.sh为私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。

##-T   不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。

##-l 设置最大传输速度，比如设置为200M 则表示最大传输速度为200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。

##另：如果下载的数据很多，一个一个下岂不是很麻烦，可不可以一次性下载完所需的所有数据呢，可以用fq.sh来帮忙，首先，创建一个以fq.sh命名的文档，将下载命令写进fq.sh（要下载多少个，就在这里写多少个命令），并将其放到/home/manager/.aspera/connect/目录下

chmod +x fa.sh       #把fq.sh变为可执行文件

cat fq.sh

./fq.sh                     #在当前路径在执行

大功告成！