保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）

2021-08-06 本文已影响0人白墨石

一、软件下载

http://software.broadinstitute.org/software/igv/download

这里以下载 Windows 版本为例，下载带有 Java 的版本，方便安装。

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由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在 Linux 服务器端使用的需求。这里推荐几种方式：

配合远程控制软件来使用，国产推荐 Todesk，向日葵

话说目前有部分单位禁止远程软件，推荐结合 Jupyter 来使用

建立 FTP 来通过 url 访问

建议最好安装在固态硬盘所在分区，提高加载速度。

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如果没有在桌面找到 IGV 软件，按住 Win 键，搜索 igv 可以找到并运行

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IGV 有下载文件的需求，所以通过网络访问权限

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二、软件介绍

1、数据载入

为了方便介绍功能，我们需要先下载几个测试数据：

测试数据下载：

下面的数据来自人肝脏的 DNaseq 数据，分别为bigbed 文件与 bigwig 文件：

bigbed 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF812QNX%5Fpeaks%5Fmm10%2EbigBed

bigwig 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF705ESF%5Fread%2Ddepth%5Fnormalized%5Fsignal%5Fmm10%2EbigWig

想了解更多基因组相关文件格式：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/109367884

载入数据：

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成功载入数据

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切换其中一个染色体：

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2、软件面板

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这里分五大部分来介绍：

工具栏
轨迹信息栏
基因组窗口
轨迹窗口
基因窗口

1、工具栏

从左到右依次为划分为三个小工具：

参考基因组工具

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a. 选择参考基因组物种及版本，如果没有本地版本，需要联网下载

b. 选择染色体编号

c. 搜索染色体区间，格式如图所示，最常用的功能还是输入感兴趣的基因，直接跳转到对应的位置

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视图操作工具

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依次为主页面，前一步，后一步，刷新，定义区域，Trace适屏，弹出信息显示

缩放工具

用于控制整个视图的缩放比例，快捷键

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2、轨迹信息栏

右键可以打开菜单，进一步修改，后面详细来研究。

3、基因组窗口

上部分为整条染色体，点击即可跳转该位置

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下半部分为目前染色体可见部分对于的染色体位置，用刻度线标识，单位为碱基数。

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4、轨迹窗口

每一行代表一个样本的 Trace

5、基因窗口

显示基因的特征区域，可以与 Trace 面板配合，来查看研究区域的生物学信号。

三、常用操作

1、下载参考基因组及注释

左上角点击 More:

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搜索物种名及其参考基因组版本：

更多参考基因组知识：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/117486244

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进入下载进度，这一步比较慢，建议科学上网或晚上挂着下载

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2、数据加载

目前支持的格式包括：

序列比对：bam，cram
基因组注释：bed, gtf, gff3, psl, bigbed
信号数据：wig, bedgraph, bigwig, tdf
拷贝数：seg

拖动文件到轨迹窗口

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本地文件载入

右上角点击 File-> Load from File，选择本地文件即可

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通过 URL 加载

如谷歌的数据gs://genomics-public-data/platinum-genomes/bam/NA12877_S1.bam，自己有服务器最好建立 ftp 站点，方便查看

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通过官方服务器加载

这里有一些公共项目的数据集，有兴趣的小伙伴可以多浏览

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3、搜索

在工具栏的搜索框输入，图中 C 的位置：

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有几种搜索方式：

按基因组坐标搜索：chr6:64,664,854-64,666,044
按基因名搜索：如 pou5f1，但是不支持别名等其他名称搜索
按突变搜索，支持两种格式：
- 如KRAS:G12C，搜索 KRAS 第 12 个氨基酸上，从G 到 C 的突变。* 表示终止密码子
- 如 123A>T，搜索 KRAS 第 123 个氨基酸，从 A 到 T 的突变