cellranger安装

2020-10-20  本文已影响0人  谢京合_数据分析人

1、cellranger的安装很简单。
下载:

wget -O cellranger-4.0.0.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-4.0.0.tar.gz?Expires=1603204594&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci00LjAuMC50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2MDMyMDQ1OTR9fX1dfQ__&Signature=JiTRZ58sv9SZxoKfdkdfB3LSj8PmvbTh-yKWmNYeM70oDeVeSgOOKxwSAoeGK3672evLTo0Aqdm8brf-kEifKnBJxBlFUmbXGk0qafBYdCGoDp7UYYhULwvxF~aJGqmaDq5FDDrKjPYW0t5wZ5mF-LAJTkzb5Re4HlyJ~ZsjS5Q7NhiEnJ4Cn1f9Qtgu7ecdQ24WnhB2IAZP650ZLYLK8qu~-c56JB9cDJ4ZgxeZ9HjK6DAlIb97S-Isko6tyP~T02IXlg6QIzfcZTHX-A9xYfhBT09IsQH4wPjoaoj27zAKKh5A8Co3iiPxelmC8fecK37hqjeCe0Wb6hfeeqfh8Q__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

麻蛋~~这也能报错。
所以,还是直接在windows上下载。
下载链接:https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-4.0.0.tar.gz?Expires=1603204594&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci00LjAuMC50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2MDMyMDQ1OTR9fX1dfQ__&Signature=JiTRZ58sv9SZxoKfdkdfB3LSj8PmvbTh-yKWmNYeM70oDeVeSgOOKxwSAoeGK3672evLTo0Aqdm8brf-kEifKnBJxBlFUmbXGk0qafBYdCGoDp7UYYhULwvxFaJGqmaDq5FDDrKjPYW0t5wZ5mF-LAJTkzb5Re4HlyJZsjS5Q7NhiEnJ4Cn1f9Qtgu7ecdQ24WnhB2IAZP650ZLYLK8qu-c56JB9cDJ4ZgxeZ9HjK6DAlIb97S-Isko6tyPT02IXlg6QIzfcZTHX-A9xYfhBT09IsQH4wPjoaoj27zAKKh5A8Co3iiPxelmC8fecK37hqjeCe0Wb6hfeeqfh8Q__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA
然后解压缩:tar -xf cellranger-4.0.0.tar
2、人的参考基因组的下载

wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz

麻蛋,居然又报错。
查了一下,貌似是说需要先在10X genomics平台上注册个账号。算了,懒得折腾。还是在windows上直接下载吧。
下载链接:https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz
比较大,不过下载起来速度还算可以。
下载完了解压缩即可。
3、然后就可以用啦!

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