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# Gene expression profiles analysis identifies a novel two-gene signature to predict overall survival in

diffuse large B-cell lymphoma

##**摘要**

弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是最常见的血液学恶性肿瘤。本文涉及GEO芯片数据GSE32018、GSE56315和癌症基因组图谱（TCGA）DLBC的基因表达谱计算差异表达基因（DEGS）。然后对重叠DEG进行基因本体（GO）、路径富集、DNA甲基化、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析和生存分析。共鉴定出74个上调和79个下调的DEG。采用分子复合物检测（MCODE）方法，筛选出CDC20、MELK、PBK、前列腺素D2合成酶（PTGDS）、PCNA和CDK1等6个中枢基因。CDC20和PTGDS能够预测TCGA DLBC和一个额外的独立队列GSE31312的总生存率（OS）。此外，CDC20 DNA甲基化负性调节CDC20的表达，并能够预测DLBCL的OS。在TCGA队列中，由CDC20和PTGDS组成的双基因小组与CDC20或PTGDS单独相比，具有更好的预后价值（p=0.026和0.039）。总的来说，本研究发现了一系列新的基因和途径，可能在DLBCL的启动和进展中起到重要作用。此外，CDC20和PTGDS将为治疗应用提供有用的指导。

##**数据集**

1. GSE56315数据集包括89个DLBCL组织和33个正常扁桃体组织

2. GSE32018数据集，分析了22个DLBCL组织和7个正常淋巴结

3. TCGA（https://tcga data.nci.nih.gov/tcga/） 下载DLBCL患者RNA序列的高通量数据。

##**方法**

1.使用（David，6.7版，https://david.ncifcrf.gov/） 和funrich软件进行DEGS功能筛选和路径富集。 P<0.05作为有意义的功能和通路分析的截止点。

2.检索交互基因（string）数据库（10.0版，http://string-db.org） 的搜索工具用于预测候选DEG编码的PPI。 Cytoscape软件 用于构建PPI网络。此外，使用mcode分析PPI网络模块 。利用David和Funrich对基因模块进行路径富集分析。最后，利用mcode插件对中心基因进行了识别，并利用该插件计算节点度，即筛选PPI中心基因的互联数。

##**结果**