补全蛋白质氨基酸(2)modeller
2020-09-10 本文已影响0人
柳叶刀与小鼠标
通常,您会在PDB中遇到缺少残留的文件。在这种情况下,必须格外小心,因为MODELLER仅读取ATOM和HETATM记录,而不读取SEQRES记录,因此不会自动处理丢失的残基。 (不幸的是,PDB不够可靠,无法自动依赖SEQRES。)
- 首先在pdb数据库下载tgfb的3D结构(3rjr.1.pdb)
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移除其中的水分子和重复的chain(许多pdb文件是二聚体)
通常,您会在PDB中遇到缺少残留的文件。在这种情况下,必须格外小心,因为MODELLER仅读取ATOM和HETATM记录,而不读取SEQRES记录,因此不会自动处理丢失的残基。 (不幸的是,PDB不够可靠,无法自动依赖SEQRES。)
移除其中的水分子和重复的chain(许多pdb文件是二聚体)