生信log11｜生物信息学可视化工具介绍——Plotly Das

最近不知道怎么地在网上冲浪看视频，刷着刷着就看到了python plotly dash这个可视化工具的教程，本颜狗就这么点进去了。此前稍微看到过d3.js的可视化（组里有大神用）用起来就是个表盘复杂的战斗机，当然自定义很高，嗯，就感觉这货是不是跟d3.js有些什么“亲戚关系”（不是）。一看代码，就发晕一模一样的长～，好在这个是可以做成app的，别人写，我们用就行（不是，怎么能有这样的想法）。
进行过生物学内容相关的可视化，诸如序列比对（结构域），进化树，基因组圈图，等等

Plotly Dash

Plotly Dash 是一款python可交互的作图工具，生物上能做序列比对的可视化，进化树，火山图，互作网络图还能可视化脑图等等，而且作图并不只局限于生物领域，商业领域的小伙伴一样使用。Plotly Dash以d3.js为基础，也可提交R语言或者是python作图的代码，增加了人机的互作性。对不懂代码的生物学认识，或者生信小白来说，是款不错的作图工具。

几个生信可视化应用示例

• 生物人必备的序列比对图

多序列比对可视化

• 探索NCBI

这个可以根据accession number或者拉丁名搜索物种，但也仅限于此而已（也不知道有什么用），但是这里可以选择与搜索物种相近的前十条物种，然后显示出下面那个图，可以看到序列有什么不同之类的。

NCBI数据展示

• 进化树
• PS：图中标绿的正是互作的模式

进化树

• 让小白叫苦不迭的circos基因结构图

这个circos 图并没有正主perl 版circos软件或者R复现出来的好

Circosimage.png

• 分子3D结构图

分子三维模型结构

本地安装

pip install dash==1.15.0

评价：为什么要用？

对啊，简单好用的不香吗，为啥非得这个不可。目前这个模块主要应用对象是生物与药学研发这块的，对微生物群组应用的可视化不太有帮助。但胜在有些图能在线上传格式文本就可以作图了并且可以互动式操作，且免费免安装，对小白实属友好。

目前的不足

• circos的图同时把多个基因组信息堆叠在一起;
• 论文不支持这些图标啊（摊手）；
• 对微生物的领域没有那么方便和充分必要使用性；
• 速度有点慢，对数据量有局限性

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参考

官方教程地址（英文慎入）

https://dash.plotly.com/
官方参考示例

上述图片均来自网络以及官网截图