MEGA 美化进化树

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树构建以及推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

这次主要用MEGA来进行进化树的美化以及调整

所以大致摸索了一下mega里面的选项的作用

调节枝长

• 最开始得到的一个进化树往往是比较大的，因为序列过多，所以会团在一起。第一步需要将它分开，可以用views里面的Options来调节横向和纵向的长度，或者选择Display only topology 来锁定枝长

1. 通过options来调节

   
   image.png

2. 直接固定枝长

   
   进化树固定枝长.png

翻转树枝

• swap subtree 和 flip subtree 感觉都是翻转树枝，没有发现明显的区别

添加外类群（变成有根树）

• place root on branch 就是给进化树添加外类群，从而让树的根变为你指定的基因家族的根。可以选择比较保守且数量较少的一到两支来作为外类群（外类群顾名思义会出现在进化树的最外面）

收起某一枝

• compress/expand subtree 是把树枝收起或者展开，在选择收起的时候会跳出让你命名的选项，防止你收起之后不清楚那支是什么

根据基因的亚家族给进化树分类

• subtree drawing options 用来给确定的某个树枝进行命名（就是刚刚选择把树枝收起时候出现的选项）当确定好之后就可以给它加上名字

• 但是有时候可能会分类出错，想要修改的话还是点这个选项，在property 里面把名字删掉，display里面的style 中选择none 这样就可以去掉我们之前给他写的名字 这里还可以根据不同的亚家族来选择不同的颜色

查看某一枝具体的树枝

• show subtree separately 选中想要具体查看的枝然后点击show subtree separately，就可以把这支单独拿出来

• 然后点击file里面的export group name 就可以把需要的序列拿出来（注意：一定要设置group名字就是在我们分类的时候不能丢掉任何一只，不然没有名字的序列会拿不出来）

调节整个树的长度

• fit tree to screen 使树适合屏幕，就是把枝长拉到和你的屏幕一样长

隐藏序列名字

• toggle the display of taxa names 就可以把我们的序列名字拿掉只显示进化树的树枝

导出进化树

美化好进化树之后我们可能需要将得到的树导出放到文章中，可以使用image 来选择我们需要的格式

导出进化树.png

当然除了导出不同的文件格式之外还可以导出不一样的性状，比如说圈图或者直接的图，但是直接的进化树的话会有长度的限制，太大的话会显示报错

导出报错.png

这时候可以用view 中的options 来调节，调节好之后就可以正常导出使用啦

调节枝长.png