【生信】自建rpsblast的蛋白结构域数据库

NCBI上BLAST的手册中对makeprofiledb的介绍：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/

在做rpsblast时，可以对自建的蛋白结构域数据库做比对。如：要对PKS/NRPS蛋白结构域做BLAST，如何自建一个PKS/NRPS蛋白结构域数据库？

一、流程

S1：挑出PKS/NRPS蛋白结构域的smp文件。

S2：放到一个文件夹里。

S3：写一个PKS.pn文件，里面是S1所挑的smp文件的名字，一名一行。PKS.pn同样放在这个文件夹里。

S4：参考NCBI上BLAST的手册中对makeprofiledb的介绍在该文件夹里输入

makeprofiledb -title PKS.v.1.0 -in PKS.pn -out PKS -threshold 9.82 -scale 100.0 -dbtype rps -index true

则建好了一个名为PKS的数据库

S5：输入以下命令行，则是用这个自建的PKS数据库，对20genome.fasta运行rpstblastn

rpstblastn -query 20genome.fasta -db ./domains/PKS -out op.out -evalue 0.00001 -outfmt 6

二、makeprofiledb的参数介绍

参考NCBI的BLAST手册

三、其他makeprofiledb命令示例