理解Scanpy的数据结构：AnnData

Anndata(Annotated data) is a Python package for handling annotated data matrices in memory and on disk, positioned between pandas and xarray.

AnnData

.X：表达矩阵

• 数据结构：Numpy array（数组，没有行名和列名，行名信息储存在.obs（cell metadata），列名信息储存在.var（gene metadata））
  
  用scVelo看一下数据结构

.obs：cell metadata

• 数据结构： Pandas dataframe

  
  

访问其中的任何一个属性，就通过普通的dataframe访问即可

.var：gene metadata

• 数据结构： Pandas dataframe

  
  

.uns: unstructured annotation

• 数据结构：Python字典

  
  
• 主要针对行列的参数的注释

.obsm: multi-dimension obs

• 数据结构：Numpy array，是对obs的多维注释

  
  

.varm: multi-dimension var

• 数据结构：Numpy array，是对var的多维注释

  
  

.layer

we may have different forms of our original core data, perhaps one that is normalized and one that is not. These can be stored in different layers in AnnData. For example, let’s log transform the original data and store it in a layer

先切，再看.X等