基因家族MEGA建树及iTOL基础美化【详解注释文件】

使用MEGAX构建系统发育树

先进行多序列比对，muscle, clustalW, 可参考文献选择一种

区别见：http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-314266.html

再进行建树，主要有NJ , ML ，可参考文献选择一种，或者使用2者锁定同一个结果。

建树参数，检验选1000，模型可以先在MEGA 的MODELS 中 “find best DNA/protein models” ，具有最低BIC分数（BayesianInformation Criterion）的模型被认为是最好地描述替代模式。但最佳模型是以ML找的，MEGA建树时ML、NJ提供的模型并不完全相同，且有些组合模型没有，所以看树的情况吧

MEGAX步骤详见：https://blog.csdn.net/weixin_43643082/article/details/84279196

导出newick格式，或者复制粘贴到txt

iTOL美化

帮助文档 ： https://itol.embl.de/help.cgi

注册账号-登录-创建项目-上传树文件或粘贴txt，点树名称页面转到美化界面，默认显示成圆形

树形状的基本操作如是否显示步长检验数值，是否显示支长，是否对齐ID等，根据自身需求设置，略

最简单的上色

【强烈建议】在help页面下载模板和例子的压缩包，先使用例子里的树和注释文件做一遍

以#开头的行都是注释

第一行：注释内容title

第二行：设定分隔符（TAB，SPACE空格，COMMA逗号）

第三行：DATA

另起一行跟注释的具体内容，格式为 NODE_ID TYPE COLOR LABEL_OR_STYLE SIZE_FACTOR

NODE_ID：最外围就是你的序列ID了，内部的id鼠标单击会弹出名称

ranges-node.png

TYPE：（结合例子文件理解）

'range': defines a colored range (colored background for labels/clade)
'clade': defines color/style for all branches in a clade
'branch': defines color/style for a single branch
'label': defines font color/style for the leaf label
'label_background': defines the leaf label background color

COLOR：以#开头的颜色值

LABEL_OR_STYLE：LABEL可以修改ID名称，STYLE设置格式如虚线

SIZE_FACTOR：大小

example

叶子背景上色

NODE_ID为上色范围最早的分支；type为range

TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
I148 range #eeffee test1
I110 range #ddddff test2

ranges-out.png

clade上色

ID没弄懂，欢迎解答

TREE_COLORS
SEPARATOR COMMA
DATA
9031|9606,clade,#0000ff,normal,2
601|340,clade,#ff0000,dashed,2
915|777,branch,#00ff00,dashed,10
9606|5664,branch,#00ff00,dashed,5

更简单的方法，可以直接点击要上色的整个clade的，node，弹出框选择“color”-"set clade color"

colors_dash-out.png

最外围加文字

文字较多，只展示下DATA部分

ID用于定文字的位置；-1表示在最外围

DATA
9606,Homo sapiens,-1,#ff0000,bold,0.2,0
4932,Eukaryota,-1,#000000,italic,2,90
160,Bacteria,-1,#0000ff,bold,2,90
2234,Archaea,-1,#0000ff,normal,2,-45
727,Something is here with a long label,-1,#ff0000,bold-italic,0.5,0

tol_text-out.png

在枝上加形状标志

例子文件里的tol_symbol.txt系列

symbols-out.png

做好即时导出SVG，不订阅无法保存。

iTOL还有很多其他可视化