Rare bacterial strain isolated a

宏基因组学领域是一种从环境样本中直接研究遗传物质的微生物物种研究方式，这一方式彻底改变了我们观察和发现微生物新物种。许多细菌不能在实验室中独立培养：一部分是因为它们生长的培养基不合适，也有一部分是因为这些细菌只在多物种群落中茁壮成长（例如我们肠道中的许多细菌！），还有一部分这是因为它们只能相对于另一个较大的生物体生长。细菌Candidatus phylum Dependentiae则属于最后一类。关于这个群体我们知之甚少，因为到目前为止，只有三种属于它的菌株被分离出来。但在最近发表在《Microbiology Resource Announcements》上的一项研究中，东京理科大学（TUS）的Masaharu Takemura教授成功地分离出第四种这样的菌株Noda2021。

Masaharu Takemura et al, Genome Sequence of a New " Candidatus " Phylum "Dependentiae" Isolate from Chiba, Japan, Microbiology Resource Announcements (2022). DOI: 10.1128/mra.01123-21

Noda2021的透射电镜(TEM)图像（A和B）以及进化关系（C）

"最初，我们在TUS的野田校区对Risoukai公园进行了采样，目的是通过使用常见的实验室宿主'Vermamoeba vermiformis'对其进行筛查来分离出一种巨型病毒。然而，在这样做的过程中，我们意外地发现了这种罕见的细菌，它也感染了Vermamoeba，"Takemura博士说。

为了分离新品系，Takemura博士首先从Risoukai公园的池塘中养殖了一个样本，然后将其添加到Vermamoeba的养殖中。在种植了几天的Vermamoeba之后，他从中提取了Noda2021，然后对其遗传物质进行了分析。

"我们发现Noda2021菌株由1，222，284个碱基对组成，具有约38.3%的鸟嘌呤和胞嘧啶（GC）含量以及1，287个基因。然后，我们对该菌株进行了16S rRNA分子系统发育分析，发现它与迄今为止分离出的其他Candidatusphylum Dependentiae菌株之一'Vermiphilus pyriformis'相对接近，"Takemura博士解释说。他还在电子显微镜下检查了受感染的Vermamoeba细胞，发现Noda2021有时在其宿主细胞内表现出连接的细胞结构。

"这一发现证明野田校区的池塘在微生物学上是多样化的，在生态上令人兴奋，"竹村博士说。这也是日本首次分离出这种菌株。

这种新菌株Candidatus phylum Dependentiae的分离肯定会进一步加深我们对这种奇怪的细菌群的理解。根据Takemura博士的说法，"这种细菌位于巨型病毒和微细菌之间的边界区域，因此我们希望它能提供有关这两个群体的起源和生态位置的一些有用和独特的信息。

基因组数据信息：
序列数据：GenBank(登录号AP025250)的BioProject登录号PRJDB12443和BioSample登录号SAMD00414974下获得；
原始读取可以在sequence Read Archive(登录号DRR327641)中找到。

测序数据类型：PacBio RS II

组装软件：HGAP v3.0软件

基因注释：利用DDBJ (DNA Data Bank of Japan)位点的DFAST注释工具。

评论：一个典型的三代测序组装再注释的菌株，方法没有太大的创新，主要是这个样本菌株来源稀缺，具有较高的研究价值！

东京理科大学的poster也很是敲好看呢！！

poster

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