R语言绘图包10--Circos图的绘制：circlize包

2022-10-28 本文已影响0人 Hayley笔记

R语言绘图包系列：

0. 简介

circos plot可以展示不同实体之间的相互关系和彼此分享的一些共通之处，因此这种图表非常适合用来比较数据集或不同数据组之间的相似性，节点围绕圆周分布，点与点之间以弧线彼此连接以显示其中的关系，然后再给每个连接分配权重。它的主要特点在于可以帮助我们看出数据之间的关系，适用于比较数据集或不同数据组之间的数值，但也存在不足之处，比如如果需要显示太多连接的时候会显得比较混乱。

示例：

设计原理

circlize 圆形布局由 sectors（扇形）和 tracks（轨迹）组成。对于数据中的不同分类，会作为不同的 sectors，在圆形布局上看起来就是将圆切割为一个个扇形；而同一个类别的不同维度的观测值，会作为从圆外向圆内不断堆叠的图形轨迹 tracks，即展示的各种数据图形。

例如，对于下面这张图

1. R包安装

install.packages("circlize")
# devtools::install_github("jokergoo/circlize")

R包中包含的函数见最后一部分

2. 简单示例

library(circlize)
library(RColorBrewer)
data=matrix(sample(18,18),3,6)
rownames(data)=paste0("R",1:3)
colnames(data)=paste0("C",1:6)
df=data.frame(from=rep(rownames(data),times=ncol(data)),
              to=rep(colnames(data),each=nrow(data)),
              value=as.vector(data),
              stringsAsFactors = F)
df
#    from to value
# 1    R1 C1    10
# 2    R2 C1     6
# 3    R3 C1    17
# 4    R1 C2     3
# 5    R2 C2     2
# 6    R3 C2     9
# 7    R1 C3     5
# 8    R2 C3     8
# 9    R3 C3     7
# 10   R1 C4     1
# 11   R2 C4    16
# 12   R3 C4    14
# 13   R1 C5    15
# 14   R2 C5    13
# 15   R3 C5    12
# 16   R1 C6    11
# 17   R2 C6     4
# 18   R3 C6    18
chordDiagram(df,grid.col = brewer.pal(9,"Set1")[1:9],link.border = "grey")