linux下的程序安装

conda的安装与激活

• conda的安装复制链接即可。
• conda的激活应在相应的目录下执行。
• conda镜像的使用，输入代码

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用

• 查找服务器中的conda list，主目录中输入代码：
  conda list

• 在conda中搜索软件fastqc，输入代码：
  conda search fastqc

• fastqc的安装和卸载，代码如下：

conda install fastqc -y
conda remove fastqc -y #-y 表示安装和卸载的过程中遇到的问题都回答yes

补充学习

conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的。

• 查找所有的conda环境
  conda info --evns

• 在假设要进行转录组数据处理的前提下，建立一个rnaseq的conda环境，指定python版本为python3。创建conda环境代码如下：
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 然后对创建的conda环境进行查找
  conda info --evns
  

  conda环境创建成功

• 激活新创建的conda环境
  conda activate rna-seq

激活成功后用户名后
会出现（rna-seq），输入fastqc之后查看是否可以使用。

新conda环境激活成功

• 查看新创建的conda环境（rna-seq）是否可用

其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，.就给你显示帮助文档让你看看。

-退出当前环境
conda deactivate

成功退出当前conda环境

今日学习小结

• conda相当于linux环境下的“应用商店”。
• 安装conda时每个步骤应该认真检查，失败则仔细看报错内容并解决。
• 文件及目录应该分清，在删除是准确使用命令。
  -掌握 服务器上对conda list的查看，软件的搜索、安装和卸载。
• 初步了解conda环境以及其使用场合，初步学会创建新的conda环境、查看并退出。