[Spark] Schema Inference - Spark

2019-07-07  本文已影响0人  pingpong_龘

1. 背景

Spark在的Dataframe在使用的过程中或涉及到schema的问题，schema就是这个Row的数据结构(StructType)，在代码中就是这个类的定义。如果你想解析一个json或者csv文件成dataframe，那么就需要知道他的StructType。

徒手写一个复杂类的StructType是个吃力不讨好的事情，所以Spark默认是支持自动推断schema的。但是如果使用流处理(Streaming)的话，他的支持力度是很受限的，最近在做Streaming处理的时候，遇到一些schema inference的问题，所以借机学习整理下Spark源码是如何实现的。

2. Spark版本

以下的代码基于spark的版本：

项目 version
scala 2.11
spark-core 2.4.0
spark-sql 2.4.0
mongo-spark-connector 2.11

gradle的配置：

providedRuntime group: 'org.apache.spark', name: 'spark-core_2.11', version: '2.4.0'
providedRuntime group: 'org.apache.spark', name: 'spark-sql_2.11', version: '2.4.0'
providedRuntime group: 'org.mongodb.spark', name: 'mongo-spark-connector_2.11', version: '2.3.1'

3. Schema inference

3.1 spark的Schema inference

3.1.1 通过DDL来解析Schema

DDL的格式类似于："a INT, b STRING, c DOUBLE",

深入学习看这里：Open Data Description Language (OpenDDL)

StructType提供了接口直接通过解析DDL来识别StructType

    this.userSpecifiedSchema = Option(StructType.fromDDL(schemaString))

先把DDL string解析成SqlBaseLexer

val lexer = new SqlBaseLexer(new UpperCaseCharStream(CharStreams.fromString(command)))

然后， 然后...就看的不太懂了...

3.1.2 解析一个Json的Schema

Spark中Dataframe的文件读取是通过DataFrameReader来完成的.

都是通过DataSet的ofRows(sparkSession: SparkSession, logicalPlan: LogicalPlan)方法转为DataFrame

  def ofRows(sparkSession: SparkSession, logicalPlan: LogicalPlan): DataFrame = {
    val qe = sparkSession.sessionState.executePlan(logicalPlan)
    qe.assertAnalyzed()
    new Dataset[Row](sparkSession, qe, RowEncoder(qe.analyzed.schema))
  }

schema是由QueryExecution得到的

  def ofRows(sparkSession: SparkSession, logicalPlan: LogicalPlan): DataFrame = {
    val qe = sparkSession.sessionState.executePlan(logicalPlan)
    qe.assertAnalyzed()
    new Dataset[Row](sparkSession, qe, RowEncoder(qe.analyzed.schema))
  }

其中的qe.analyzed.schema这句就是QueryExecution先分析生成LogicPlan,分析的源码在CheckAnalysis.scala中的def checkAnalysis(plan: LogicalPlan): Unit

 def checkAnalysis(plan: LogicalPlan): Unit = {
    // We transform up and order the rules so as to catch the first possible failure instead
    // of the result of cascading resolution failures.
    plan.foreachUp {

      case p if p.analyzed => // Skip already analyzed sub-plans

      case u: UnresolvedRelation =>
        u.failAnalysis(s"Table or view not found: ${u.tableIdentifier}")

      case operator: LogicalPlan =>
        // Check argument data types of higher-order functions downwards first.
        // If the arguments of the higher-order functions are resolved but the type check fails,
        // the argument functions will not get resolved, but we should report the argument type
        // check failure instead of claiming the argument functions are unresolved.
        operator transformExpressionsDown {
          case hof: HigherOrderFunction
              if hof.argumentsResolved && hof.checkArgumentDataTypes().isFailure =>
            hof.checkArgumentDataTypes() match {
              case TypeCheckResult.TypeCheckFailure(message) =>
                hof.failAnalysis(
                  s"cannot resolve '${hof.sql}' due to argument data type mismatch: $message")
            }
      
      
      ...
      ...
      
}

最终由Logic的output: Seq[Attribute]转为StructType:

  lazy val schema: StructType = StructType.fromAttributes(output)

具体每个Attribute转你为StructType的代码如下：

  private[sql] def fromAttributes(attributes: Seq[Attribute]): StructType =
    StructType(attributes.map(a => StructField(a.name, a.dataType, a.nullable, a.metadata)))

3.1.3 Kafka的Schema

在使用Kafka的Streaming的时候，自动推断只能推断到固定的几个StructField, 如果value是Json的话，也不会进一步解析出来。
这个是因为Kafka和json的dataSource是不一样的
DataFrame在load的时候，会有DataSource基于provider name来找到这个provider的data source的类定义

// DataSource.scala line 613
def lookupDataSource(provider: String, conf: SQLConf): Class[_] = {
    val provider1 = backwardCompatibilityMap.getOrElse(provider, provider) match {
      case name if name.equalsIgnoreCase("orc") &&
          conf.getConf(SQLConf.ORC_IMPLEMENTATION) == "native" =>
        classOf[OrcFileFormat].getCanonicalName
      case name if name.equalsIgnoreCase("orc") &&
          conf.getConf(SQLConf.ORC_IMPLEMENTATION) == "hive" =>
        "org.apache.spark.sql.hive.orc.OrcFileFormat"
      case "com.databricks.spark.avro" if conf.replaceDatabricksSparkAvroEnabled =>
        "org.apache.spark.sql.avro.AvroFileFormat"
      case name => name
    }
    val provider2 = s"$provider1.DefaultSource" 
    ...
}

  override def sourceSchema(
      sqlContext: SQLContext,
      schema: Option[StructType],
      providerName: String,
      parameters: Map[String, String]): (String, StructType) = {
    validateStreamOptions(parameters)
    require(schema.isEmpty, "Kafka source has a fixed schema and cannot be set with a custom one")
    (shortName(), KafkaOffsetReader.kafkaSchema)
  }

具体kafkaSchema的定义如下：

  def kafkaSchema: StructType = StructType(Seq(
    StructField("key", BinaryType),
    StructField("value", BinaryType),
    StructField("topic", StringType),
    StructField("partition", IntegerType),
    StructField("offset", LongType),
    StructField("timestamp", TimestampType),
    StructField("timestampType", IntegerType)
  ))

3.2 mongo-spark的Schema inference

3.2.1 MongoInferSchema源码分析

看mongoSpark源码的时候，意外从一个toDF的方法里发现了有个MongoInferSchema实现了类型推断.

  /**
   * Creates a `DataFrame` based on the schema derived from the optional type.
   *
   * '''Note:''' Prefer [[toDS[T<:Product]()*]] as computations will be more efficient.
   *  The rdd must contain an `_id` for MongoDB versions < 3.2.
   *
   * @tparam T The optional type of the data from MongoDB, if not provided the schema will be inferred from the collection
   * @return a DataFrame
   */
  def toDF[T <: Product: TypeTag](): DataFrame = {
    val schema: StructType = MongoInferSchema.reflectSchema[T]() match {
      case Some(reflectedSchema) => reflectedSchema
      case None                  => MongoInferSchema(toBsonDocumentRDD)
    }
    toDF(schema)
  }

于是研究了下，发现MongoInferSchema的实现分两种情况：

如果是给定了要解析的class类型，那就很好办，直接基于Spark的ScalaReflection的 schemaFor函数将class转为Schema:

case class Schema(dataType: DataType, nullable: Boolean)

这个Schema是ScalaReflection中定义的一个case class,本质是个catalyst DataType
所以可以再进一步直接转为StructType, 所以代码实现很简单：

ScalaReflection.schemaFor[T].dataType.asInstanceOf[StructType]

如果没有给定要解析的class类型，那就直接根据从mongo里读取的RDD来推断Schema. 这个具体的实现方式是对RDD进行采样，采样数可以在readConfig中设置，默认值是1000(private val DefaultSampleSize: Int = 1000).

因为从mongo读取出来的格式就是BsonDocument, 所以采样的过程就是将每个BsonDocument转为StructType

  private def getSchemaFromDocument(document: BsonDocument, readConfig: ReadConfig): StructType = {
    val fields = new util.ArrayList[StructField]()
    document.entrySet.asScala.foreach(kv => fields.add(DataTypes.createStructField(kv.getKey, getDataType(kv.getValue, readConfig), true)))
    DataTypes.createStructType(fields)
  }

然后将采样的1000个集合进行两两merge，获取兼容的类型，最终得到RootType，即为所需的Schema：

// perform schema inference on each row and merge afterwards
val rootType: DataType = sampleData
.map(getSchemaFromDocument(_, mongoRDD.readConfig))
.treeAggregate[DataType](StructType(Seq()))(
compatibleType(_, _, mongoRDD.readConfig, nested = false),
compatibleType(_, _, mongoRDD.readConfig, nested = false)
)

3.2.2 MongoInferSchema存在的问题

3.2.2.1 Java兼容性问题

虽然scala脱胎于java，但是在类型和结构上也逐渐出现了很多的不同点，包括部分基础结构和各种各样的复杂结构。所以如果要推断的类是java类，MongoInferSchema 也提供了MongoInferSchemaJava 实现类型反射:

/**
 * A helper for inferring the schema from Java
 *
 * In Spark 2.2.0 calling this method from Scala 2.10 caused compilation errors with the shadowed library in
 * `JavaTypeInference`. Moving it into Java stops Scala falling over and allows it to continue to work.
 *
 * See: SPARK-126
 */
final class MongoInferSchemaJava {

    @SuppressWarnings("unchecked")
    public static <T> StructType reflectSchema(final Class<T> beanClass) {
        return (StructType) JavaTypeInference.inferDataType(beanClass)._1();
    }

}

具体的推断实现在def inferDataType(typeToken: TypeToken[_], seenTypeSet: Set[Class[_]]函数中，代码如下，这里就不详细展开了。

 /**
   * Infers the corresponding SQL data type of a Java type.
   * @param typeToken Java type
   * @return (SQL data type, nullable)
   */
  private def inferDataType(typeToken: TypeToken[_], seenTypeSet: Set[Class[_]] = Set.empty)
    : (DataType, Boolean) = {
    typeToken.getRawType match {
      case c: Class[_] if c.isAnnotationPresent(classOf[SQLUserDefinedType]) =>
        (c.getAnnotation(classOf[SQLUserDefinedType]).udt().newInstance(), true)

      case c: Class[_] if UDTRegistration.exists(c.getName) =>
        val udt = UDTRegistration.getUDTFor(c.getName).get.newInstance()
          .asInstanceOf[UserDefinedType[_ >: Null]]
        (udt, true)
       ...
       ...
       ...
        val properties = getJavaBeanReadableProperties(other)
        val fields = properties.map { property =>
          val returnType = typeToken.method(property.getReadMethod).getReturnType
          val (dataType, nullable) = inferDataType(returnType, seenTypeSet + other)
          new StructField(property.getName, dataType, nullable)
        }
        (new StructType(fields), true)
    }
  }

所以如果大家要使用mongo-spark的类型推断，那么可以基于scala和java封装2个接口函数用于Schema Infer, 下面是我自己封装的2个函数：

  /**
    * @see [[MongoInferSchema.apply]]
    */
  protected def inferSchemaScala[T <: Product : TypeTag](): StructType = {
    MongoInferSchema.reflectSchema[T]() match {
      case Some(reflectedSchema) => reflectedSchema
      // canonicalizeType erases all empty structs, including the only one we want to keep
      case None => StructType(Seq())
    }
  }

  /**
    * @see [[MongoInferSchema.apply]]
    */
  protected def inferSchemaJava[T](beanClass: Class[T]): StructType = {
    MongoInferSchema.reflectSchema(beanClass)
  }

3.2.2.2 采样推断不准确问题

产生不准确的原因在于：

解决方案：

4. 总结

以上介绍了几种spark内部实现 schema inference 源码和使用方式。在日常大部分工作中这些东西都是被spark隐藏的，而且如果没有特殊场景，也是不需要涉及到这里的东西。我是因为刚好遇到Spark Streaming读写Kafka的Topic，但发现读到的RDD/DataFrame没有很好的解析Schema，于是研究了下相关的实现。
最终基于项目选择了MongoInferSchema的实现方式，友好的解决了问题。

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