从NCBI下载数据

先安装miniconda(Mac)

• 链接

##执行
bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

然后安装NCBI下载工具包entrez-direct

## 先建立环境
conda create -n env_ncbi
## 进入环境
conda activate env_ncbi
## 安装
conda install -c bioconda entrez-direct

以下面文章为例子：

• 题目: Gut microbiota community characteristics and diseaserelated microorganism pattern in a population of healthy Chinese people
• 在ncbi找到bio project: PRJNA481854
• 执行下面的命令：

## 根据bioproject找到所有的accession list
esearch -db sra -query PRJNA481854 | efetch -format runinfo > runinfo.csv