MEGA7使用简介

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA7下载地址：http://www.megasoftware.net/download_form
选择适合自己电脑系统的版本进行下载安装。
我的电脑是win10，所以选择如下：

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安装好软件，我们正式开始介绍MEGA7的入门使用：
1、准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。
取一条目标氨基酸序列，在NCBI的blast板块进行下比对：

将比对结果下载下来保存为fasta格式，如下：

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2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。

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3、打开刚刚保存下来的fasta序列，如下：

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4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。

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5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。

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6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（邻接法）和Minimum-Evolution（最小进化法）方法，在此选择选择Neighbor-Joining（邻接法）建树，出现下图。

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7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰.

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在这我们就演示完一个非常简单的进化树构建过程，MEGA是一个非常强大的软件，我们演示的也只是构建进化树的小小的一部分，而且MEGA的功能也不局限于构建进化树，更多的功能还需要我们慢慢地去学习去实践！
希望这篇文章能帮助到入门的小白，也希望大神们可以多多赐教！！！