新的可变剪切分析软件：McSplicer

转载自 微信公众号：茶与生信
依据RNA-seq数据进行可变剪切分析的新软件：McSplicer
下面对其使用步骤做一介绍：

(1) 需要准备的文件Files

GTF 文件：基因组自带的，或者是stringtie等软件生成的皆可

BAM文件：已排序，已建好索引(可以用samtools建索引)

(2) 操作步骤Steps

1‘ 运行exonRefine将外显子集精炼为不重叠的连续子外显子区域，

./bin/exonRefine  <annotation.gtf> --prefix OUTPUT_PREFIX

2’ 对上一步中生成的注释和输入的BAM文件运行SigCount

./bin/sigcount <alignments.bam> <annotation_refined.gtf> <outfile-prefix>

3' 运行McSplucer以获取剪切位点情况估计

python2 ./python_code/McSplicer.py \
        --gtf REFINED_GTF \
        --count_file SIGNATURE_COUNT_FILE \
        --out_dir OUTPUT_DIRECTORY\
        --bootstraps NUM_OF_BOOSTRAPS\
        --read_len READ_LENGTH\
        --prefix OUT_FILE_PREFIX

(3) 结果输出Outputs

输出的csv文件包含bootstrap step，剪接位点索引，基因链，染色体，剪接位点基因组位置和McSplicer剪接位点使用估计。

依赖Dependencies

McSplicer 在 python 2上运行（最好是python 2.7），另外需要:

• numpy>=1.13.1
• pandas>=0.20.3

软件背景Reference

文章目前发表在bioRxiv

题目为：McSplicer: a probabilistic model for estimating splice site usage from RNA-seq data

软件使用说明和下载地址：https://github.com/canzarlab/McSplicer

单位：德国慕尼黑大学